Les scientifiques ont découvert que les variantes de Salmonella peuvent avoir des effets différents sur la santé des porcs et les risques qu’elles posent pour la salubrité des aliments.
Deux types étroitement apparentés de Salmonella Typhimurium, appelés U288 et de type séquence (ST) 34, sont particulièrement dominants chez les porcs et diffèrent dans la colonisation de l’intestin et des tissus environnants et la gravité de la maladie qu’ils ont produite. La variante ST34 représente plus de la moitié de toutes les infections humaines à Salmonella Typhimurium au Royaume-Uni, tandis que l’U288 est rarement associé à l’infection humaine.
Le professeur Rob Kingsley du Quadram Institute et le professeur Mark Stevens de l’Institut Roslin ont travaillé avec des scientifiques de l’Institut Earlham pour examiner les variantes communes de Salmonella chez les porcs au Royaume-Uni.
À l’aide du séquençage du génome entier, l’équipe de recherche a constaté que les deux types de Salmonella Typhimurium circulent chez les porcs britanniques depuis 2003. Les chercheurs ont déjà examiné l’émergence et la propagation de Salmonella chez les porcs.
Prévoir les stratégies de risque et de contrôle
Dans l’industrie porcine, elle peut avoir un impact sur la santé et le bien-être des porcs et avoir des effets potentiels sur la productivité. Salmonella Typhimurium est relativement fréquent dans les élevages de porcs et les procédés dans les abattoirs tentent d’empêcher la contamination de la viande destinée à la chaîne alimentaire.
Les résultats de l’étude, publiés dans la revue Communications Biology, pourraient aider à prédire le risque de variantes de Salmonella pour les animaux et les humains, et aider les stratégies de prévention ou de contrôle des infections.
« Comprendre comment les variantes de Salmonella émergent et identifier les signatures génétiques responsables de l’adaptation aux différents hôtes et la capacité de produire des maladies offriront des possibilités d’améliorer le diagnostic et la surveillance. À son tour, cela aidera à prédire le risque que les variantes de Salmonella posent à la santé animale et à la salubrité des aliments », a déclaré M. Stevens.
L’étude a analysé la composition génétique des souches de Salmonella isolées des porcs et des personnes, afin d’identifier les variantes et de comprendre comment elles ont évolué et se comportent. Des échantillons ont été prélevés sur des infections cliniques humaines pendant le diagnostic de routine et sur des animaux pendant la surveillance de routine.
Cela comprenait 1 826 isolats de Salmonella Typhimurium provenant d’infections humaines en Angleterre et au Pays de Galles entre avril 2014 et décembre 2015 et 79 souches salmonella typhimurium U288 isolées d’animaux au Royaume-Uni en 2014 et 2015 dans le cadre de la surveillance de l’APHA et 77 autres de 2005 à 2016.
Différences de tension
Les travaux ont impliqué Santé publique Angleterre et l’Animal and Plant Health Agency (APHA) et ont été financés par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council.
Des bactéries ST34 beaucoup plus viables ont été récupérées après desiccation pendant 24 heures, comparées à U288. Salmonella Typhimurium ST34 monophasique s’est également reproduite à un taux plus élevé que u288 en culture, un trait qui, selon les experts, pourrait entraîner un niveau plus élevé de contamination des aliments.
La variante U288 a évolué pour acquérir des gènes associés à la résistance aux antimicrobiens et aux variations des molécules liées à la virulence ainsi qu’à une croissance plus lente en laboratoire.
« Nous avons déjà observé ce type de changements dans des variantes de Salmonella qui se sont adaptées à des espèces hôtes spécifiques et qui causent une maladie plus invasive, y compris le type de Salmonella qui cause la fièvre typhoïde chez les humains, mais qui n’affecte pas d’autres espèces », a déclaré M. Kingsley.
« L’une des constatations intéressantes est de savoir à quelle mesure les agents pathogènes peuvent s’adapter rapidement et comment même quelques changements génomiques peuvent mener à des résultats très différents en matière de maladies », a déclaré le Dr Matt Bawn, chercheur à l’étude basée à l’Institut Earlham et à l’Institut Quadram.
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