Des chercheurs du Royaume-Uni ont examiné l’émergence et la propagation d’une souche de Salmonella commune chez les porcs.
Les scientifiques espèrent que comprendre comment et pourquoi de nouvelles souches de Salmonella émergent dans le bétail aidera à élaborer des stratégies améliorées pour réduire l’incidence et rendre l’approvisionnement alimentaire plus sûr.
Les travaux ont été menés par le Quadram Institute et l’Université d’East Anglia avec Public Health England, l’Animal and Plant Health Agency, le Earlham Institute et le Teagasc Food Research Centre. Il a été financé par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council et publié dans la revue Microbial Genomics.
Les virus sont de très petits paquets de matériel génétique qui nécessitent des cellules pour reproduire ce matériel et causer la maladie. Il existe également des virus, appelés bactériophages, qui utilisent des bactéries pour reproduire et, ce faisant, tuer la bactérie. Cependant, certains sont capables de se cacher à l’intérieur de la cellule bactérienne en fusionnant avec le matériel génétique de la bactérie.
Aider salmonella à se propager
Les chercheurs ont dit que c’est ce qui s’est passé peut-être des centaines de fois lors de l’émergence d’une souche qui a aidé les bactéries à se propager à l’échelle mondiale.
Ce gène est distribué sporadiquement dans Salmonella et rare dans Salmonella Typhimurium, mais a été acquis plusieurs fois au cours de l’expansion clonale du type de séquence monophasique salmonella typhimurium actuellement dominant (ST) 34 clone.
La salmonelle typhimurium typhimurium monophasique ST34 a vu le jour en Europe vers 2005, d’abord dans les populations porcines. La moitié des infections à Salmonella dans l’Union européenne sont liées à des porcs.
Au Royaume-Uni, plus de la moitié de toutes les infections à Salmonella Typhimurium sont causées par st34. Salmonella Typhimurium a constitué une proportion croissante de toutes les infections à Salmonella au cours de la dernière décennie, en grande partie en raison de l’émergence de cette nouvelle souche, selon l’étude.
Contrairement à Salmonella Enteritidis qui a été largement contrôlée dans les troupeaux de poules en couche au Royaume-Uni, peu de progrès ont été réalisés sur Salmonella Typhimurium. Le remplacement occasionnel de la souche dominante de Salmonella Typhimurium causant la maladie en fait une cible mobile. Il est donc important de comprendre pourquoi de nouvelles souches apparaissent et ce qui les distingue des souches précédentes pour trouver des moyens de s’attaquer à ce pathogène.
Dominance croissante
Les chercheurs ont découvert que l’ancêtre commun de la souche chez les porcs du Royaume-Uni existait il y a environ 30 ans, mais qu’il était passé inaperçu jusqu’en 2005, lorsque la surveillance par l’Agence de santé animale et végétale a révélé que le ST34 était en faible nombre. L’analyse de la séquence du génome à partir d’infections humaines à l’aide de données de Santé publique Angleterre a indiqué qu’un virus bactérien appelé mTmV a infecté st34 à plusieurs reprises à partir de 2002.
En analysant la structure de la population de ST34, il a été constaté que Salmonella hébergeant ce virus dans leur matériel génétique est devenu plus nombreux au fil du temps et a gagné un avantage concurrentiel sur ceux qui n’ont pas le virus. Le virus est porteur du gène sopE codant une toxine connue pour aider Salmonella à infecter leur espèce animale hôte, à causer la diarrhée et à être transmise à de nouveaux hôtes dans les aliments et les aliments pour animaux.
Les chercheurs ont étudié la distribution de sopE dans 1 697 Salmonella Typhimurium et la variante monophasique Salmonella Typhimurium des infections humaines en Angleterre et au Pays de Galles entre 2012 et 2016 et ont constaté qu’il était rare. Ils ont également examiné la variation dans les séquences du génome entier de Salmonella Typhimurium isolées de porcs britanniques entre 2006 et 2015.
Sur les 442 isolats monophasiques salmonelles Typhimurium ST34 provenant de sources, y compris les humains, la nourriture, l’environnement, le bétail, les animaux de compagnie et les animaux sauvages dans 29 pays, 25 pour cent ont codé le gène sopE.
Le transfert de mTmV à d’autres salmonelles serovars in vitro a été limité, mais comprenait le porc commun associé Salmonella Derby. Cela peut expliquer le mTmV dans Salmonella Derby co-circulant dans les fermes avec salmonelle typhimurium st34 monophasique, soulignant la possibilité d’un transfert ultérieur du gène de virulence sopE dans la nature.
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