Le séquençage du génome entier (WGS) fournit un niveau d’informations supplémentaires qui fait plus qu’équilibrer les coûts supplémentaires s’il est utilisé efficacement, selon une étude récente.
Les chercheurs ont évalué les coûts et les avantages du SSF de routine au moyen d’études de cas dans huit laboratoires en Europe et dans les Amériques, dont cinq travaillent avec des agents pathogènes d’origine alimentaire. Tous les laboratoires ont signalé les avantages de l’utilisation du WGS pour l’identification et la surveillance des agents pathogènes.
Les travaux se sont concentrés sur le dossier d’investissement pour la mise en œuvre du WGS par rapport aux méthodes conventionnelles, sur la base des coûts et des avantages pour différentes périodes entre avril 2016 et avril 2019. Pour les cinq laboratoires qui assurent la surveillance des agents pathogènes d’origine alimentaire, la période de référence était généralement d’un an.
Ces établissements — Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell’Emilia-Romagna (IZSLER, Italie), Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (INEI-ANLIS, Argentine), Maryland Department of Health (MDH), Public Health Agency of Canada (PHAC) et Public Health England (PHE) — utilisent wgs pour la caractérisation des isolats bactériens dans la surveillance des agents pathogènes, principalement Salmonella, Listeria, E. coli et Shigella.
Au cours de la période de 12 mois, IZSLER a effectué 175 échantillons de surveillance de routine, INEI-ANLIS 320, MDH 1 767, ASPC 8 630 et PHE 15 791, selon l’étude publiée dans la revue Eurosurveillance.
Coûts plus élevés vs plus d’informations
Les coûts pris en compte comprenaient l’équipement, les consommables, le personnel et d’autres dépenses directement comptabilisées par les institutions. Le coût de l’équipement pour le flux de travail WGS au cours de l’année d’achat variait de 75 000 € (91 400 $) à 3,2 millions d’euros (3,9 millions de dollars) pour plusieurs séquenceurs et infrastructures bioinformatiques personnalisées.
L’évaluation économique a comparé les coûts de l’utilisation du WGS au traitement du même nombre d’échantillons avec les méthodes conventionnelles les plus performantes pour l’identification et la caractérisation des agents pathogènes.
Les coûts globaux par échantillon du WGS ont dépassé le prix des méthodes conventionnelles dans tous les laboratoires analysés. L’utilisation de WGS était entre 1,2 et 4,3 fois plus chère. Le coût moyen pour les cinq laboratoires de référence qui ont utilisé le WGS pour la surveillance de routine des agents pathogènes d’origine alimentaire était de 209 € (255 $) par échantillon.
Les laboratoires d’origine alimentaire comptaient souvent sur de l’équipement moins coûteux pour les méthodes conventionnelles que les autres sites et présentaient une plus grande différence entre les coûts d’équipement pour wgs et pour les méthodes conventionnelles.
IZLER a indiqué que l’introduction du WGS avait changé la façon dont les responsables de la salubrité des aliments procèdent à l’échantillonnage, en passant de l’analyse des produits à l’échantillonnage environnemental.
En ce qui concerne les agents pathogènes d’origine alimentaire, l’analyse wgs a permis de mieux comprendre comment les souches bactériennes se diversifient au fil du temps, ce qui a permis d’identifier les souches comme étant liées alors qu’elles auraient été considérées comme non liées en vertu des méthodes précédentes, selon EPS.
Impact de la détection des éclosions
Les laboratoires qui ont utilisé le WGS dans la surveillance de routine des agents pathogènes d’origine alimentaire ont déclaré qu’il y avait une simplification des flux de travail et un nombre réduit d’étapes pratiques pour l’analyse. Le délai d’exécution habituel était de 5 à 10 jours pour l’analyse wgs. Le délai pour l’analyse complète d’un agent pathogène d’origine alimentaire à l’aide de méthodes conventionnelles était généralement de 4 à 15 jours, selon l’agent pathogène et l’analyse requise.
Le WGS a affecté le nombre et la taille des clusters détectés et peut réduire les cas de maladie, si les systèmes de santé publique sont équipés et financés de manière adéquate pour prendre des mesures efficaces. Les grappes identifiées à l’aide de méthodes conventionnelles ont été confirmées ou divisées à l’aide de données de séquence, et un plus grand nombre d’éclosions plus petites a été trouvé.
L’ASPC a signalé que le nombre d’éclosions de Listeria détectées avait diminué au cours de la première année de mise en œuvre du SGE, car l’ECP avait détecté celles qui n’existaient pas et avait mené à une utilisation inefficace des ressources pour enquêter sur des éclosions inexistantes.
Le SGES a permis à l’ASPC d’identifier 17 éclosions distinctes d’infections à Salmonella Enteritidis associées à des produits de poulet crus panés et congelés, qui n’avaient pas été détectés à l’utilisation de méthodes conventionnelles.
Pour les cinq laboratoires qui effectuent la surveillance de Salmonella, les chercheurs ont calculé le nombre et la proportion de cas signalés de salmonellose qu’il faudrait éviter pour utiliser le WGS sans incidence sur les coûts. Le nombre annuel d’atteindre le seuil de rentabilité en ce qui a eu droit aux coûts variait d’un dans la zone de compétence de l’INEI-ANLIS en Argentine à 82 dans la zone de compétence de l’ASPC au Canada.
L’analyse du seuil de rentabilité indique que pour la surveillance de Salmonella, seul un pourcentage modeste des cas de salmonellose signalés devrait être évité chaque année grâce à l’utilisation du WGS pour rendre l’adoption de la technologie neutre sur le plan des coûts du point de vue de la santé publique, selon les chercheurs.
Le research a eu lieu dans le cadre du projet COMPARE EU financé par Horizon2020 qui a débuté en 2014 et s’est achevé en 2019.
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