La pandémie a mis à rude épreuve les ressources du groupe, mais l’Interagency Food Safety Analytics Collaboration (IFSAC) a élaboré un plan provisoire et poursuit son travail.
L’organisation a été lancée en 2011 lorsque trois agences américaines – les Centers for Disease Control and Prevention, la Food and Drug Administration et le Food Safety and Inspection Service (FSIS) de l’USDA – l’ont créée pour améliorer certains efforts liés à la sécurité alimentaire.
Plus précisément, son but est d’améliorer la coordination des efforts fédéraux d’analyse de la salubrité des aliments et de répondre aux priorités transversales en matière de collecte, d’analyse et d’utilisation des données sur la salubrité des aliments.
« Depuis sa création, l’IFSAC s’est concentrée sur l’attribution des sources de maladies d’origine alimentaire : identifier quels aliments sont les sources les plus importantes de certaines maladies d’origine alimentaire majeures. Dans le cadre de cet effort, l’IFSAC produit maintenant des estimations annuelles pour quatre agents pathogènes prioritaires : Salmonella, Escherichia coli O157, Listeria monocytogenes et Campylobacter », selon le plan stratégique intérimaire 2022-2023 du groupe.
Les agences fédérales et les experts en salubrité des aliments utilisent les analyses de l’IFSAC pour aider à élaborer une planification stratégique et des décisions fondées sur les risques; estimer les avantages des interventions; et évaluer l’incidence des interventions, comme les règlements, les politiques et les normes de rendement nouveaux ou révisés. En rassemblant des données provenant de diverses sources, en explorant largement un éventail de méthodes et de disciplines et en développant des méthodes d’analyse solides, les scientifiques de l’IFSAC peuvent améliorer les estimations des sources de maladies d’origine alimentaire.
Les activités de l’IFSAC ont été considérablement affectées par la pandémie mondiale de COVID-19, selon un communiqué accompagnant le plan intermédiaire 2022-23 du groupe. En 2020 et 2021, de nombreux membres du personnel du CDC, de la FDA et du FSIS qui dirigent et participent aux projets de l’IFSAC et à leur supervision ont été déployés dans le cadre des efforts de réponse à la COVID-19, ont dû se concentrer sur les activités liées à la pandémie ou ont couvert les activités du programme de l’agence pendant que d’autres membres du personnel étaient déployés.
L’IFSAC continue de publier des estimations annuelles de l’attribution des sources des maladies d’origine alimentaire, mais les limites des ressources ont retardé certains projets.
En raison des contraintes de ressources, les responsables de l’IFSAC ont élaboré un plan stratégique provisoire, qui décrit les réalisations du groupe au cours de la période 2017-2021 et identifie les activités clés pour 2022-2023. Vers la fin de la période intérimaire, le groupe a l’intention de partager des informations sur son orientation, ses objectifs et ses approches pour les travaux futurs.
« Au cours des années 2022 à 2023, nous continuerons de publier des rapports annuels sur l’attribution des sources de maladies d’origine alimentaire pour les agents pathogènes prioritaires. Nous continuerons d’améliorer les méthodes d’estimation de l’attribution des sources de maladies d’origine alimentaire à l’aide de données sur les épidémies et les maladies sporadiques – non associées aux épidémies – en poursuivant des collaborations externes au besoin pour maximiser les capacités et l’accès aux sources de données », selon le plan provisoire du groupe.
Plus précisément, les dirigeants de l’IFSAC ont l’intention d’accorder la priorité aux activités suivantes :
• Analyser les tendances des maladies associées aux épidémies de maladies d’origine alimentaire au cours des 20 dernières années et soumettre un manuscrit à une revue à comité de lecture décrivant ses méthodes et ses résultats.
• Continuer à développer et à affiner des approches d’apprentissage automatique pour prédire les sources alimentaires de maladies humaines avec des sources inconnues en utilisant le séquençage du génome entier (WGS) pour comparer les isolats de Salmonella de sources connues avec ceux de personnes malades dont la source est inconnue.
• Adapter les méthodes basées sur le WGS développées pour Salmonella afin d’attribuer les maladies sporadiques de Campylobacter aux sources de nourriture.
• Évaluer la fréquence des flambées épidémiques pluriannuelles et leur incidence sur les analyses d’attribution des sources et décider s’il convient d’améliorer les méthodes d’utilisation dans les modèles d’attribution des sources fondés sur les flambées.
• Collaborer avec le personnel de FoodNet pour estimer les fractions attribuables à la population pour les principales sources alimentaires de maladies sporadiques à Salmonella Enteritidis et Campylobacter en élaborant des études cas-témoins à l’aide des données de détermination de l’exposition aux cas de FoodNet et des données de l’Enquête sur la population de FoodNet.
• Continuer d’élaborer une méthode pour intégrer dans les estimations d’attribution les éclosions associées aux aliments complexes (c.-à-d. les aliments multi-ingrédients) pour lesquels l’ingrédient contaminé est inconnu.
« L’objectif principal de l’IFSAC continue d’être d’améliorer les estimations des sources alimentaires de maladies causées par les principaux agents pathogènes. Alors que l’IFSAC s’est toujours concentrée sur l’estimation des sources de toutes les maladies – et pas seulement associées aux épidémies – les méthodes n’ont jusqu’à présent utilisé que des données provenant d’épidémies. Au cours des dernières années, nous avons développé des méthodes pour utiliser les données deil s’agit de faire ces estimations » selon le plan intérimaire.
« Au cours de cette période intérimaire, nous continuerons d’évaluer notre approche pour attribuer les maladies de Campylobacter à des catégories d’aliments spécifiques. Nos rapports récents ont mis en évidence les défis associés à l’attribution des maladies de Campylobacter aux aliments sur la base des données sur les épidémies, en raison de l’influence démesurée des épidémies provenant d’aliments peu consommés mais présentant un risque élevé de maladie, tels que le lait non pasteurisé et le foie de poulet.
Les travaux de l’IFSAC de 2017 à 2021 comprenaient :
• Développer une approche de modélisation statistique pondérée en fonction de la récence pour estimer les sources de maladies d’origine alimentaire causées par des agents pathogènes spécifiques et publier la méthode dans une revue à comité de lecture.
• Mise à jour du système de l’IFSAC pour la catégorisation des aliments impliqués dans les épidémies de maladies d’origine alimentaire, et l’a décrit dans un article publié examiné par des pairs.
• Produire des estimations annuelles des sources de maladies d’origine alimentaire pour Salmonella, Escherichia coli O157, Listeria monocytogenes et Campylobacter pour 2015-2019.
• Analyser les données sur les éclosions de maladies à Salmonella acquises lors de la consommation de produits à base de porc afin d’appuyer le projet de normes de rendement de l’USDA pour la contamination minimale acceptable par Salmonella des coupes de porc et des produits de porc haché.
• Continuer d’explorer de nouvelles méthodes et de nouveaux modèles pour l’attribution des sources de maladies d’origine alimentaire, y compris des forêts aléatoires et d’autres algorithmes d’apprentissage automatique.
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