Un projet de surveillance au Danemark utilisant le séquençage du génome entier a révélé que de nombreuses infections à Campylobacter ne sont pas sporadiques et ont aidé à découvrir une épidémie de grande ampleur.

L’étude a montré qu’environ la moitié des infections humaines appartiennent à des grappes génétiques, près d’un tiers des isolats cliniques correspondent à une source de poulet, et la plupart des grandes grappes peuvent être liées à la volaille par WGS.

Les chercheurs espèrent que les connaissances et la sensibilisation suscitées conduiront à une diminution des cas de campylobactériose associés au poulet danois dans les années à venir.

Le Danemark comptait 5 389 cas en 2019 et 33 % des échantillons de viande de poulet conventionnels étaient positifs pour Campylobacter à l’abattage. On estime qu’un tiers des infections sont liées à des voyages.

La surveillance fondée sur le typage des infections à Campylobacter en 2019 a permis de détecter de grandes grappes et de les jumeler à des isolats de poulet vendus au détail pour réagir aux éclosions. La surveillance a également permis de détecter des flambées prolongées ou réapparues pour faciliter les interventions antérieures, selon l’étude publiée dans la revue Eurosurveillance.

Résultats de l’échantillon
Les scientifiques ont utilisé wgs sur 701 isolats de personnes infectées et 164 de viande de poulet. L’accent a été mis principalement sur une région, le nord du Jutland, mais des isolats de Fioné et de Zélande ont également été inclus.

Les isolats de Campylobacter provenant des programmes de contrôle vétérinaires et alimentaires danois ont été séquencés et comparés aux isolats cliniques. Du poulet et du bœuf frais ont été échantillonnés dans des magasins du nord du Jutland et dans des centres de distribution couvrant des chaînes de vente au détail, tandis que des poulets de chair biologiques et en liberté ont été échantillonnés dans des abattoirs.

Dans le cadre de la surveillance fondée sur le SGA, 626 isolats cliniques de Campylobacter jejuni et de Campylobacter coli ont été recueillis. De plus, 75 isolats d’octobre 2018 à février 2019 ont été inclus dans le suivi d’une éclosion. L’étude représentait 12,4 % de tous les cas signalés en 2019.

Campylobacter a été détecté dans 22 % des 909 échantillons de viande de poulet vendue au détail. Au total, 163 des 852 échantillons produits au Danemark étaient positifs, tout comme 33 des 57 échantillons non danois.
Campylobacter a été trouvé dans 84 des 123 échantillons de peau de poulets de chair biologiques et en liberté. Au total, 128 isolats provenant d’échantillons d’aliments et 36 isolats provenant d’échantillons témoins à l’abattoir dans le cadre de l’enquête sur l’éclosion ont été séquencés.

Certaines souches n’étaient présentes dans la viande de poulet ou les humains que pendant quelques semaines ou quelques mois, tandis que l’occurrence d’autres souches fluctuait au fil du temps d’une manière qui pouvait être liée aux cycles de production dans chaque ferme.

Détection des éclosions
Soixante-douze grappes ont été détectées, la plupart étant petites entre deux et quatre personnes, mais 14 grandes personnes impliquaient cinq à 91 patients.

Le plus grand groupe comprenait 91 personnes. Il a été détecté au début de la surveillance en mars 2019 et s’est poursuivi pendant toute l’année, atteignant un sommet de mai à août. Une analyse rétrospective a montré que cette souche a été trouvée chez des patients en octobre 2018.

La grappe a apparié quatre isolats de poulet provenant de viande vendue au détail échantillonnée en mai et en août 2019. Ces isolats ont été retracés jusqu’à un seul abattoir appartenant à HKScan à Vinderup. 30 isolats supplémentaires ont été trouvés : 20 provenant d’échantillons de viande à l’abattoir entre la fin février et août 2019 et 10 provenant de l’environnement de l’abattoir à la fin d’octobre.

Les résultats ont permis d’établir un lien entre la souche de l’éclosion et une ferme. À partir d’août 2019, l’abattoir a décidé que la viande de cette ferme devrait être congelée pour réduire le niveau de Campylobacter. Il a également présenté un plan d’action pour optimiser les procédures et l’équipement.

Quelques cas avec la souche de l’épidémie ont été observés au début de 2020 et il est possible qu’elle se soit propagée à plusieurs fermes ou à d’autres abattoirs.

Certains problèmes identifiés par les chercheurs comprenaient le suivi de chaque cluster génétique de Campylobacter n’est pas réalisable en raison du grand nombre, ce qui nécessiterait beaucoup de ressources et le facteur temps, car la plupart des types de clusters ont déjà disparu avant qu’il ne soit possible de prendre des mesures.

De plus, la surveillance des infections humaines fondée sur le SGES sans comparaison avec les isolats alimentaires est d’une valeur limitée pour la santé publique.

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