Dans une présentation récente, Martin Wiedmann, de l’Université Cornell, a discuté des points positifs et négatifs de l’ séquençage du génome entier (WGS) partage de données, en disant que el’accès asy à ces données peut parfois amener les entreprises et les particuliers à tirer des conclusions erronées sur la source d’une éclosion d’origine alimentaire.
La présentation de Weidmann faisait partie de la session IV du Center for Produce Safety de sa série de webinaires du Symposium de recherche. Modéré par Vice-président principal de United Fresh Produce Association Jennifer McEntire, la séance comprenait des rapports de recherche, des affiches de recherche et une période de questions et réponses.
La présentation présentée par Wiedmann, Ph.D., professeur de sécurité alimentaire à la famille Gellert à l’Université Cornell, s’intitulait « Outbreaks: Past, Current, and Future with WGS Data ».
La séance de Wiedmann s’est concentrée sur la façon dont le WGS est utilisé par la FDA, les CDC, le FSIS et d’autres pour détecter les éclosions d’origine alimentaire. Il a souligné que l’identification et l’annonce d’éclosions sans sources claires peuvent mener à ce qu’il appelle des « insinuations de WGS », qui arrivent à des conclusions et font des hypothèses sans le tableau complet.
La facilité et l’accessibilité du partage des données du WGS ont conduit à ces insinuations. « Encore une fois, c’est quelque chose que tout le monde peut faire, vous n’avez pas besoin d’un mot de passe, vous n’avez pas besoin d’autorisation », a déclaré Wiedmann.
Une communication claire et précise des données wgs est importante parce qu’elle peut facilement être mal interprétée et conduire aux soi-disant insinuations.
Wiemann a fourni quelques mesures que l’industrie peut prendre :
- Avoir quelqu’un dans votre entreprise ou affilié à votre entreprise qui sait comment utiliser et rechercher NCBI Pathogen Detection;
- Configurer des alertes pour les clusters WGS préoccupants ;
- Avoir un plan pour ce qu’il faut faire lorsque vous recevez « l’appel » de la FDA ou des CDC; et
- Planifiez quand, où et comment vous pouvez utiliser les données WGS.
Rapports de recherche
- « Analysis of the presence of Cyclospora in waters of the Mid-Atlantic States and evaluation of removal and inactivation by filtration. »
Kalmia Kniel, Ph.D, professeure de sécurité alimentaire microbienne, Université du Delaware.
Le projet de recherche de Kniel a deux objectifs principaux: pour comprendre l’incidence de l’ C. cayetanensis sur les eaux de la région médio-atlantique des États-Unis, et élucider l’efficacité de la filtration ZVI dans l’élimination et l’inactivation des agents pathogènes parasites afin d’améliorer la salubrité des aliments avant la récolte.
Le résumé complet peut être consulté ici.
- « Illuminating the role of whole genome sequencing in produce safety. »
Kerry Cooper, Ph.D, professeur adjoint de sciences animales et biomédicales comparées, Université de l’Arizona.
L’objectif de la recherche de Cooper est de déterminer les taux de mutation de salmonelle, Listeriaet Escherichia coli O157:H7 pendant la persistance à long terme dans les sols agricoles et l’eau d’irrigation maintenus dans différentes conditions géographiques.
Le résumé complet peut être consulté ici.
- « Étude des traitements potentiels avant et après récolte ciblant le ciblage salmonelle spp. réduction des risques sur les pêches en Australie. »
Kim-Yen Phan-Thien, Ph.D., chargé de cours en sciences de l’alimentation, Université de Sydney.
Les recherches de Phan-Thien ont été une réponse rapide à l’éclosion de Salmonella liée aux pêches en Amérique du Nord l’an dernier.
Le résumé complet peut être consulté ici.
- « Risques microbiens environnementaux associés aux produits ventilés dans les centres de distribution. »
Laurel Dunn, Ph.D, professeure adjointe de sciences et technologies alimentaires, Université de Géorgie.
Nouvelles sur la salubrité des aliments a fait état de ce rapport recherche en décembre 2020.
Ce résumé complet peut être consulté ici.
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