Un système utilisé par les pays européens pour signaler les flambées a vu le nombre de demandes diminuer en 2020 par rapport à l’année précédente.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) héberge la plate-forme d’information sur les maladies d’origine alimentaire et hydrique (EPIS-FWD), qui comprend les demandes urgentes.

Des enquêtes urgentes sont lancées par les pays ou l’ECDC pour évaluer l’aspect multinational potentiel des événements nationaux.

Problème principal de Salmonella
En 2020, 72 enquêtes urgentes ont été lancées contre 88 en 2019, le nombre le plus élevé depuis le lancement de la plateforme. Au cours de l’année écoulée, des alertes ont été lancées par 16 des 52 pays du réseau et une sur la vibriose a été lancée par l’ECDC. Près de la moitié étaient dues à Salmonella.

Dans l’ensemble, ils étaient liés à la salmonellose, à la listériose, à l’infection à E. coli productrice de toxines Shiga (ECST), à l’hépatite A, à la shigellose, à la campylobactériose, à la yersiniose, au botulisme, au norovirus, à la psittacose, au virus de l’encéphalite transmise par les tiques et à la vibriose. En moyenne, 10 pays ont répondu à chaque alerte.

Il y a eu une réduction de la détection et de l’intervention en cas d’éclosions d’origine alimentaire et hydrique au cours des premières semaines de COVID-19, mais le nombre d’incidents surveillés a augmenté au cours de l’été et de l’automne. En 2020, le soutien à la réponse européenne à la COVID-19 est devenu la principale activité de l’agence, consommant la plupart de son temps et de ses ressources.

Une enquête de six mois menée par le Médiateur européen sur les performances de l’ECDC pendant la pandémie a révélé des lacunes dans les pratiques de transparence et la nécessité d’améliorer les données reçues des autorités nationales.

EPIS doit être remplacé par une solution de gestion des événements et des menaces (ETMS), un nouvel outil de détection et de gestion des événements et des menaces.

Développements wgs
À la fin de 2020, neuf pays soumettaient régulièrement des données de surveillance de la listériose par séquençage du génome entier, et huit pays dans le cadre d’enquêtes sur les éclosions. Au total, 28 grappes multi-pays possibles de Listeria monocytogenes ont été détectées en Europe. Parmi ceux-ci, 16 ont été trouvés par les États membres grâce à une interface utilisateur et 12 par l’ECDC.

Les points de contact nationaux pour les maladies d’origine alimentaire et hydrique se sont réunis virtuellement en mars 2020 et ont discuté de la propagation transfrontalière potentielle de Campylobacter. Plus tard dans l’année, la Suède a lancé une interface utilisateur et la première propagation transfrontalière des infections à Campylobacter, vérifiée par wgs, a été confirmée impliquant la Suède, le Danemark, la Norvège et le Luxembourg.

En 2020, l’ECDC a publié deux évaluations de l’épidémie avec l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA): une troisième mise à jour sur une épidémie multi-pays de Salmonella Enteritidis liée aux œufs et une sur les infections à Salmonella Typhimurium et Salmonella Anatum liées aux noix du Brésil.

L’ECDC a mis au point un système de collecte, de gestion, d’analyse et de stockage des données de séquençage du génome entier qui permettra une analyse en temps réel et une comparaison visuelle des séquences afin d’identifier les souches courantes et de détecter les épidémies. Il sera d’abord appliqué sur des agents pathogènes, y compris Listeria, Salmonella et STEC. La publication a été reportée en raison de la pandémie, mais est prévue pour cette année.

Les travaux préparatoires sur la collecte et l’analyse des données wgs à partir d’isolats humains et alimentaires se sont poursuivis en 2020. À l’avenir, les bases de données de l’ECDC et de l’EFSA resteront séparées, mais échangeront des données en temps réel pour rechercher et détecter des séquences entre isolats humains et non humains.

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