Les infections à E. coli ont continué d’augmenter en Suisse en 2019, selon le rapport de surveillance du pays sur les zoonoses et les flambées d’intoxication alimentaire.

Les zoonoses les plus communs étaient encore une fois la campylobactériose et la salmonellose. Il y a eu environ 7 000 cas de campylobactériose et 1 500 de salmonellose, mais le nombre réel est susceptible d’être plus élevé, selon l’Office fédéral de la salubrité des aliments et des vétérinaires (OAVS).

Les flambées de l’alimentation et de l’eau ont presque doublé, passant de 12 en 2018 à 23 en 2019, soit le niveau le plus élevé de la dernière décennie. Au total, plus de 331 personnes sont tombées malades et au moins six ont été hospitalisées.

Augmentation continue de la bactérie E. coli
L’année a été marquée par une nouvelle augmentation du nombre de cas confirmés d’E. coli (STEC) producteur de toxines shiga à 993, contre 822 en 2018. Ce taux est le plus élevé enregistré depuis l’introduction des obligations de déclaration en 1999.

La principale cause de cette hausse est probablement due à de nouvelles méthodes d’analyse, car les laboratoires effectuent plus de tests pour STEC, ce qui permet de détecter plus de cas. Le nombre de cas de SHU restant pratiquement constant au fil des ans confirme cette hypothèse, selon FSVO, qui est également connu en italien comme USAV, Français comme OSAV et allemand comme BLV.

Comme en 2018, la plupart des cas ont été enregistrés au troisième trimestre. À l’exception des enfants de moins de 5 ans, les femmes étaient légèrement plus touchées que les hommes, quel que soit leur âge. Un pays possible d’exposition a été noté dans 662 cas, la Suisse a été mentionnée dans 399 cas.

Avec 20 cas de syndrome hémolytique urémique (SHU) en 2019, il y a eu une légère diminution par rapport à 23 l’année précédente. Huit enfants de moins de 5 ans et six personnes de 65 ans et plus ont été la plupart du temps touchés.

Campylobacter, Salmonella et Listeria
En 2019, la campylobactériose est demeurée l’infection la plus fréquemment enregistrée. Un total de 7.223 cas confirmés par diagnostic de laboratoire ont été rapportés, ce qui était une légère diminution par rapport à 7.675 l’année précédente.

Une première augmentation a été notée en été. Le pic a été atteint en juillet et août, avec 1 817 cas. Comme les années précédentes, une deuxième hausse de courte durée a été enregistrée pendant la période des fêtes liée à la version suisse de la fondue chinoise.

Dans le cadre de l’autosurveillance par le secteur avicole, 1 482 analyses ont été effectuées sur la viande de poulet et de dinde en 2019. De ce nombre, 323 ont été testés positifs pour Campylobacter spp. Campylobacter était entre 1 000 et 10 000 unités de formation de colonies par gramme pour 38 des 390 échantillons de carcasses de poulet analysés et il était supérieur à 10 000 dans 17 échantillons. Si les taux dépassent souvent 1 000 CFU/g, l’abattoir doit prendre des mesures pour parvenir à une réduction, telles que l’amélioration de l’hygiène et le contrôle des contrôles des procédés.

La deuxième zoonose la plus fréquente en Suisse était la salmonellose. En 2019, 1 547 cas confirmés par diagnostic en laboratoire ont été signalés, soit une légère augmentation par rapport à 1 467 en 2018. Les sérovars les plus fréquemment signalés sont Salmonella Enteritidis, suivi de Typhimurium et de sa variante monophasique 1,4,[5],12:i:-.

Dans le cadre de l’auto-contrôle par le secteur avicole, 3 216 analyses ont été effectuées sur la viande de poulet et de dinde en 2019. Au total, 16 cas étaient positifs : cinq cas chacun de Salmonella Albany et d’Enteritidis, quatre de Salmonella Infantis et un de Salmonella Typhimurium et Heidelberg.

En 2019, 36 cas de listériose confirmés par diagnostic en laboratoire ont été signalés, comparativement à 42 en 2018. Comme les années précédentes, le taux de déclaration le plus élevé était celui des personnes âgées de plus de 65 ans. Les sérotypes 4b et 1/2a étaient les plus fréquemment détectés.

Plus de 1 000 fromages et 202 échantillons environnementaux ont été testés pour Listeria et, bien que listeria monocytogenes n’ait pas été détectée, d’autres types de Listeria ont été trouvés dans 11 échantillons. Les produits à base de viande suisses ont été testés dans le cadre d’un projet commandé par la FSVO. Deux cents échantillons ont été analysés et Listeria monocytogenes a été trouvé trois fois, mais n’a pas dépassé la limite de 100 CFU/g.

Plus d’épidémies mais le total reste faible
Les infections d’origine alimentaire sont rares en Suisse depuis plusieurs années avec 23 incidents signalés en 2019. Ce chiffre, bien que le double de l’année précédente, reste faible par rapport à d’autres pays.

Pour cinq personnes atteintes de l’hépatite E, des entrevues avec des patients ont suggéré que le porc était la cause de la maladie. Aucune source n’a été suspectée dans cinq éclosions de Salmonella. Salmonella Napoli a touché 50 personnes, Salmonella Munchen a laissé 38 malades, Salmonella Derby malade 23, sept étaient malades de Salmonella Hvittingfoss et huit à cause de Salmonella Bovismorbificans.

L’agent infectieux à l’origine des éclosions n’a pu être déterminé que dans deux des 23 incidents. L’un concernait Campylobacter et l’autre norovirus ainsi que E. coli et Entérocoques.

Deux jours après avoir pris un repas dans un restaurant, une famille de trois personnes est tombée malade. Campylobacter a été détecté dans les selles des patients. On soupçonnait la poitrine de poulet farcie à la mozzarella, mais aucune analyse n’a pu être effectuée puisqu’aucun échantillon n’était encore disponible. Une enquête menée au restaurant a montré que la viande était probablement insuffisamment cuite.

Au cours d’un camp d’été, 45 enfants et huit adultes dans deux cabines sont tombés malades. Norovirus type I a été détecté dans les selles d’un patient. Comme on soupçonnait l’eau, les analyses ont permis de trouver le norovirus de type I et de type II ainsi que E. coli et les entérocoques.

Dans d’autres enquêtes, deux personnes sont tombées malades peut-être d’un empoisonnement à l’histamine dans le thon qui a été stocké incorrectement. Six personnes sont tombées malades un jour après avoir mangé un sandwich au jambon dans une boulangerie où le norovirus a été trouvé dans les selles d’un employé. Enfin, le chef d’un restaurant, souffrant de nausées et de diarrhée, est toujours venu travailler. Après un repas servi le soir même à 25 invités, 15 personnes ont présenté des symptômes similaires et un cuisinier dans le restaurant est également tombé malade.

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