Un groupe de chercheurs estime que les infections par des souches résistantes aux antibiotiques de Salmonella non typhoïde ont augmenté de 40 %, d’après les statistiques de 2004 à 2008 par rapport aux chiffres de 2015 à 2016.

Une « résistance cliniquement importante » à l’ampicilline ou à la ceftriaxone ou une nonsusceptibilité à la ciprofloxacine ont été trouvées lors de l’examen d’environ 220 000 infections en 2015-2016, comparativement à environ 159 000 infections en 2004-2008, selon le rapport des chercheurs publié dans la revue Emerging Infectious Diseases.

« Salmonella est une cause majeure de maladies d’origine alimentaire aux États-Unis, et les souches résistantes aux antimicrobiens constituent une menace sérieuse pour la santé publique », a écrit l’équipe de scientifiques.

« En extrapolant à la population des États-Unis et en tenant compte des infections non déclarées, nous avons estimé une augmentation de 40% de l’incidence annuelle des infections présentant une résistance cliniquement importante – résistance à l’ampicilline ou à la ceftriaxone ou nonsusceptibilité à la ciprofloxacine », selon le rapport de la revue.

Les chercheurs étaient dirigés par Felicita Medalla, épidémiologiste au National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases de la Division of Foodborne, Waterborne, and Environmental Diseases des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis. Ses intérêts de recherche comprennent la résistance aux antimicrobiens chez Salmonella et d’autres agents pathogènes d’origine alimentaire et entérique.

De 2004 à 2016, les laboratoires de santé publique des services de santé des États et des services de santé locaux participants dans les 48 États contigus ont signalé 539 862 infections à Salmonella confirmées par culture à la Surveillance des maladies entériques en laboratoire (LEDS). Parmi les isolats de ces infections à Salmonella, 89 % étaient sérotypés. Les plus courants étaient Enteritidis à 20 pour cent, Typhimurium à 16 pour cent, Newport à 11 pour cent, I 4,[5],12:i:- à 4 pour cent, et Heidelberg à 4 pour cent.

Les laboratoires de santé publique des 48 États ont soumis 28 265 isolats au Système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (NARMS). Parmi ces isolats, 98 % étaient sérotypés; les plus courants étaient Salmonella Enteritidis à 19 pour cent, Typhimurium à 16 pour cent, Newport à 11 pour cent, I 4,[5],12:i:- à 4 pour cent, et Heidelberg à 4 pour cent.

« Les changements dans l’incidence de la résistance variaient selon le sérotype. Sérotypes I 4,[5],12:i:- et Enteritidis étaient responsables des deux tiers de l’incidence accrue de la résistance cliniquement importante en 2015-2016. Les infections ciprofloxacine-nonsusceptibles ont été à l’origine de plus de la moitié de l’augmentation. Ces estimations peuvent aider à établir des cibles et des priorités en matière de prévention », selon le rapport de recherche.

L’incidence accrue des infections à Salmonella ciprofloxacine nonsusceptibles au cours de 2015 à 2016 par rapport à l’incidence pour 2004 à 2008 et 2010 à 2014 est une tendance inquiétante, ont déclaré les chercheurs. Les sérotypes Enteritidis ont contribué le plus à cette augmentation.

Bien que l’incidence des infections par Enteritidis, le sérotype le plus courant, n’ait pas changé de manière significative depuis plus de 10 ans, le pourcentage d’infections à la ciprofloxacine nonsusceptible a augmenté presque régulièrement. Le poulet et les œufs ont été les principales sources domestiques d’infections à Enteritidis. Environ 20 pour cent des infections à Enteritidis sont liées à des voyages internationaux.

L’incidence des infections présentant une résistance cliniquement importante et une ciprofloxacine-nonsusceptibilité causées par des sérotypes classés comme autres était plus élevée en 2015-2016 qu’en 2004-2008. Certains de ces sérotypes émergent ou présentent des niveaux de résistance préoccupants, notamment Dublin, Infantis, Kentucky, Hadar et Agona. Certains ont été associés à la résistance, à une maladie invasive ou aux deux.

Considérations régionales

Les variations de l’incidence de la résistance par catégorie de résistance et par sérotype variaient selon la région géographique, avec des augmentations significatives dans la plupart des régions pour les sérotypes I 4,[5],12:i:- et Enteritidis. Une augmentation de l’incidence de I 4,[5],12:i:- infections multirésistances et à l’ampicilline seulement se sont produites dans toutes les régions, avec les augmentations les plus élevées dans l’Ouest et le Midwest.

Les produits à base de porc ont été associés à I 4,[5],12:i:- infections avec résistance à l’ampicilline, au sulfonamide, à la streptomycine et à la tétracycline en Occident. La tendance régionale de la consommation de porc reflète la tendance régionale de la production de porc, qui est la plus élevée dans le Midwest. Huit des 10 États ayant la production de porcs la plus élevée se trouvent dans le Midwest.

Une étude a montré que multirésistant I 4,[5],12:i:- les souches de porcs du Midwest de 2014 à 2016 étaient généralement résistantes à l’ampicilline, au sulfonamide, à la streptomycine et à la tétracycline et faisaient probablement partie d’un clade européen qui s’est propagé aux États-Unis et ailleurs. Ces souches abritaient des gènes de résistance médiés par les plasmides, qui peuvent être transmis horizontalement à d’autres bactéries.

Cette tendance pourrait expliquer en partie l’augmentation généralisée de l’incidence du RIM I 4,[5],12:i:- infections. Les voyages internationaux auraient pu contribuer à une augmentation de l’incidence des infections à Enteritidis ciprofloxacine nonsusceptibles, qui a augmenté dans trois régions des États-Unis et était la plus élevée dans le Nord-Est.

Les voyages internationaux ont augmenté depuis 2014, et les résidents des États du nord-est ont représenté plus d’un tiers des voyageurs américains entre 2015 et 2016. Au Royaume-Uni, une augmentation de ces infections a été liée aux voyages internationaux et aux aliments importés, selon le rapport. Aux États-Unis, des souches ciprofloxacine non sensibles de Salmonella Enteritidis et d’autres sérotypes ont été isolées dans des fruits de mer importés.

« Nos estimations des changements significatifs se sont limitées à des comparaisons avec les périodes de référence utilisées pour évaluer les changements dans les pourcentages de résistance dans les rapports annuels du NARMS », ont écrit les scientifiques.

« Notre choix de comparer une période récente de deux ans avec des périodes antérieures de cinq ans a équilibré la nécessité d’évaluer la situation la plus actuelle avec la nécessité de disposer de données suffisantes pour évaluer les changements importants. »

Les chercheurs ont déclaré que le fait que certaines infections nonsusceptibles à la ciprofloxacine n’aient pas été incluses dans la catégorie des infections nonsusceptibles à la ciprofloxacine étaye davantage la conclusion selon laquelle les infections à ciprofloxacine nonsusceptibles ont augmenté au cours de la période d’étude. Ils affirment que l’utilisation croissante de tests diagnostiques indépendants de la culture par les laboratoires cliniques peut modifier la soumission d’isolats aux laboratoires de santé publique et la déclaration des infections. Ces changements justifient des ajustements dans les analyses futures.

méthodologie

Les chercheurs ont multiplié les estimations des infections confirmées par culture par 29 pour tenir compte des infections non diagnostiquées. Cependant, les infections résistantes sont associées à une maladie plus grave, de sorte qu’elles pourraient être plus susceptibles d’être détectées. Ainsi, selon le rapport, le multiplicateur approprié – le rapport entre les infections totales et les infections confirmées par culture – pour les infections résistantes pourrait être inférieur à 29. Pour calculer les infections à Salmonella non diagnostiquées, des multiplicateurs de 12 pour les personnes de moins de 5 ans et de 23 pour les personnes de 65 ans et plus ont été signalés.

Bien que les enfants de moins de 5 ans aient l’incidence la plus élevée d’infections à Salmonella, les adultes plus âgés pourraient expliquer de manière disproportionnée les infections résistantes parce qu’ils sont plus susceptibles d’avoir une maladie grave et d’être hospitalisés, ont déclaré les chercheurs. Par conséquent, un multiplicateur de 23 pourrait être un choix approprié.

« Cependant, nous en avons choisi 29 parce qu’il a été utilisé dans une estimation précédente du nombre total d’infections à Salmonella dans la population et parce que les personnes âgées de 5 à 64 ans représentent la plupart des infections confirmées par culture signalées aux CDC et la plupart des isolats présentant une résistance cliniquement importante soumis au NARMS », indique le rapport de recherche.

« Nous n’avons pas attaché d’incertitudes au nombre total extrapolé d’infections résistantes et aux changements dans ce nombre parce que les incertitudes du multiplicateur ne sont pas connues. Bien que l’incidence de la résistance puisse varier selon le sous-groupe démographique, la région géographique, le temps et d’autres facteurs, nous n’avons pas inclus d’incertitudes supplémentaires découlant de l’extrapolation à la population américaine à l’aide des estimations moyennes de la population de 2015 à 2016 pour les 50 États.

L’équipe de recherche a poursuivi le projet en partie parce que les estimations des changements dans l’incidence de la résistance peuvent aider à identifier les tendances les plus préoccupantes pour établir des priorités en matière de prévention. Les analyses qui incluent les différentes distributions d’infections par sous-groupes démographiques, saison et voyages récents pourraient éclairer les stratégies de prévention spécifiques au sérotype, régionales et ciblées sur la source, disent-ils.

À l’avenir, l’utilisation croissante du séquençage du génome entier par les laboratoires de santé publique pour caractériser les souches de Salmonella améliorera la surveillance des salmonelles résistantes aux antimicrobiens provenant de sources humaines et non humaines, selon les scientifiques. Les agents antimicrobiens contribuent à la résistance partout où ils sont utilisés, y compris chez les animaux destinés à l’alimentation et les humains.

« Une approche « Une seule santé » peut aider à détecter et à contrôler la résistance aux antimicrobiens, qui est un problème complexe et multiforme qui affecte les humains, les animaux et l’environie », ont conclu les chercheurs

En plus du Medalla des CDC, les chercheurs comprenaient Weidong Gu, Cindy R. Friedman, Michael Judd, Jason Folster, Patricia M. Griffin et Robert M. Hoekstra.

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