Les chercheurs ont évalué les facteurs à l’origine de l’augmentation des infections à E. coli (STEC) productrices de toxines shiga en Suisse.
Depuis 2015, une forte augmentation du nombre de cas a été observée. Cela a coïncidé avec l’introduction de panneaux de réaction en chaîne de polymérase multiplex (PCR) pour les analyses de selles dans la pratique de laboratoire standard en Suisse suggérant que l’augmentation du nombre de patients notifiés était due à un changement dans les pratiques et les nombres d’essai.
S’il est clair que les changements dans les diagnostics influencent les données de surveillance et la surveillance des tendances, les scientifiques estiment que ce changement n’explique qu’une partie de l’augmentation des notifications STEC en Suisse.
L’augmentation du nombre de cas notifiés de STEC est une combinaison de l’évolution des pratiques de test et d’une augmentation réelle de l’incidence des infections parmi la population suisse, selon une étude publiée dans la revue Eurosurveillance.
Infections plus légères
Avant l’introduction progressive du multiplex PCR aux diagnostics de routine entre 2011 et 2015, STEC n’a été testé spécifiquement en Suisse qu’à la demande du médecin, ce qui s’est rarement produit, ont déclaré les chercheurs. Depuis leur introduction, ces tests sont devenus la plus grande proportion de toutes les vérifications diagnostiques pour STEC et ont conduit à une augmentation du nombre de tests.
L’équipe a analysé les données de routine de 11 laboratoires, qui ont signalé 62 pour cent de tous les cas de STEC de 2007 à 2016 pour calculer la positivité, c’est-à-dire le taux du nombre de tests STEC positifs divisé par le nombre de tests effectués.
L’impact des changements dans les approches diagnostiques sur la surveillance de la santé publique a déjà été mis en évidence, en particulier le passage du diagnostic dépendant de la culture à un diagnostic indépendant de la culture pour les maladies d’origine alimentaire. Une tendance des tests diagnostiques indépendants de la culture signifie une plus grande détection de souches moins virulentes. Cependant, les 11 laboratoires de diagnostic suisses de l’étude sont passés à des méthodes indépendantes de la culture pour la détection STEC avant 2007.
Les chercheurs ont émis l’hypothèse que si l’augmentation des nouveaux cas de STEC était due à l’introduction du multiplex PCR seulement (conduisant à un dépistage moins ciblé), il y aurait une diminution de la positivité en raison d’une probabilité plus faible avant le test pour un résultat positif. Mais cela ne s’est pas reflété dans les données. Au lieu de cela, l’augmentation des cas de STEC est disproportionnée par rapport à l’augmentation du volume d’essai, ce qui entraîne l’augmentation observée de la positivité.
Plus de tests et de positifs
Les infections à E. coli ont continué d’augmenter en 2019, selon le rapport de surveillance du pays sur les zoonoses et les flambées d’origine alimentaire.
Le nombre de cas d’insuffisance rénale associée à des infections à E. coli, le syndrome hémolytique urémique (SHU), est demeuré relativement constant de 1999 à 2015. Ainsi, l’augmentation des notifications STEC est susceptible de représenter principalement des cas bénins et / ou co-infections asymptomatiques qui pourraient avoir été présents, mais non détectés dans le passé.
Une distribution changeante des sérogroupes STEC chez les patients pourrait expliquer le changement dans la gravité de la maladie, ont déclaré les chercheurs.
L’ensemble de données final comprenait 86 043 dossiers, dont 1 149 étaient positifs. L’âge médian de la population testée est passé de 30 à 43 ans entre 2007 et 2016. Parmi la population positive au STEC, l’âge médian a également augmenté de façon significative.
Entre 2007 et 2016, le nombre de panneaux PCR multiplex effectués a augmenté de 42 %. La positivité de ce test est passée de 80 sur 7 617 en 2014 à 418 sur 24 190 en 2016.
Le nombre de tests pour STEC a été multiplié par sept entre 2007 et 2016, passant de 3 711 à 26 639, tandis que le nombre de résultats positifs a été multiplié par 13, passant de 33 à 440.
La positivité a augmenté pour tous les groupes d’âge. Calculé sur la période étudiée, il était le plus élevé pour les enfants de 1 à 4 ans et est passé de 11 sur 809 en 2007 à 51 sur 1 734 en 2016. La plus forte augmentation relative a été chez les personnes âgées de plus de 80 ans, passant d’aucun cas parmi 146 en 2007 à 45 sur 2 449 en 2016.
Les chercheurs ont déclaré que le système de surveillance suisse actuel pour STEC pourrait être amélioré en incorporant des informations de typage de contrainte qui guideraient les mesures d’intervention et de contrôle.
« Nous croyons qu’il est essentiel que tous les cas d’infections à STEC, quelle que soit leur pertinence clinique, soient signalés afin d’identifier les grappes et les sources et donc de soutenir la lutte contre les flambées. »
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