Des chercheurs ont évalué le système belge de surveillance des infections à Salmonella et le rôle potentiel du séquençage du génome entier.
La surveillance de la salmonellose en Belgique dépend de l’aiguillage volontaire des isolats humains de Salmonella vers le Centre national de référence (CNRC). Les isolats sont accompagnés d’un formulaire avec des informations épidémiologiques qui comprennent l’âge, le sexe et le code postal du patient, le tableau clinique associé et les antécédents de voyage récents.
Les travaux, financés par Sciensano (l’Institut belge de la santé) ont contribué à une estimation plus précise du fardeau de la salmonellose en Belgique et montrent que les systèmes aident à interpréter les données et les tendances de surveillance au fil du temps.
Les chercheurs ont évalué la couverture du système de surveillance du CNRC sur la base d’une enquête menée auprès de laboratoires médicaux belges agréés en 2019 et d’une étude de 2016 à 2020 utilisant le système de surveillance du réseau sentinelle des laboratoires. Le nombre de laboratoires de ce réseau variait entre 38 et 47 au cours de ces cinq années. Les résultats ont été publiés dans la revue PLOS One.
Potentiel WGS
La couverture du système de surveillance du CNRC a été estimée à 83 % et à 85 %, d’après les résultats du sondage et de l’étude. Ces chiffres sont plus élevés que ceux rapportés dans d’autres pays européens tels que la France et les Pays-Bas.
Le sous-typage moléculaire par analyse de répétition en tandem à nombres variables à locus multiples (MLVA) est une routine pour les deux sérotypes les plus importants qui sont Enteritidis et Typhimurium. Le séquençage du génome entier est utilisé dans les cas impliquant des souches multirésistantes, invasives ou liées à une épidémie.
Une couverture élevée du système de surveillance du CNRC préconise la mise en œuvre du SWGS à ce niveau central pour aider à la détection plus précoce des éclosions, ont déclaré les chercheurs.
Les changements dans les pratiques de laboratoire, comme l’utilisation de tests diagnostiques indépendants de la culture (CIDT), peuvent avoir une incidence sur le système de surveillance actuel qui repose sur la confirmation de la culture et l’aiguillage des isolats. Cependant, l’enquête a révélé que l’utilisation des CIDT pour identifier Salmonella était limitée en janvier 2020 en Belgique. Seuls cinq des 113 laboratoires ont utilisé un CIDT tel que la PCR multiplex pour diagnostiquer les cas de Salmonella.
Résultats de l’enquête et de l’étude
L’enquête était liée à l’évaluation externe de la qualité (EQA) obligatoire en janvier 2020 pour les laboratoires médicaux afin d’évaluer la qualité des analyses de laboratoire.
Il a révélé que les laboratoires ne font pas de sélection en fonction du sérotype lorsqu’ils envoient des isolats au CNRC. Aucune différence régionale dans la pratique de laboratoire n’a été observée qui explique l’incidence plus élevée de Salmonella Typhimurium en Flandre.
Les scientifiques ont déclaré qu’ils étaient convaincus que la différence d’incidence observée dans les sérotypes entre les différentes régions reflète la réalité et n’est pas due à l’envoi sélectif d’isolats. Les explications possibles de l’incidence plus élevée de Salmonella Typhimurium en Flandre pourraient être des différences dans les modes de consommation alimentaire et/ou une propagation environnementale plus élevée en raison de l’abondance des élevages porcins.
Les principaux facteurs d’envoi d’isolats au CNRC étaient des raisons épidémiologiques, la confirmation et/ou la résistance aux antibiotiques et le sérotype ultérieur.
L’étude de capture-recapture a montré que la couverture du réseau de surveillance du CNRC est demeurée stable au cours des cinq dernières années. Même en 2020, alors qu’il y avait une diminution des cas de Salmonella, probablement liés à l’impact de la COVID-19, la couverture de la surveillance du CNRC est demeurée élevée. La base de données du CNRC a révélé 1 631 infections à Salmonella en 2020, comparativement à 2 619 en 2019.
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