Une revue a décrit comment les leçons tirées des principales épidémies d’origine alimentaire ont contribué à améliorer le système européen de sécurité alimentaire.

La recherche porte sur les éclosions importantes qui se sont produites au cours de la dernière décennie et sur la façon dont les choses ont changé pour tenter de prévenir les incidents répétés.

En Europe, 5 175 éclosions d’origine alimentaire ont été enregistrées en 2019, avec 49 463 maladies, 3 859 hospitalisations et 60 décès. La même année, les pays de l’UE ont publié 40 notifications du système d’alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) concernant des foyers. Dans l’ensemble, 14 ont identifié Salmonella comme cause probable, 11 pour Listeria monocytogenes et sept pour le norovirus.

En 2011, une éclosion causée par la contamination par E. coli O104:H4 de graines de fenugrec en provenance d’Égypte a touché près de 4 000 personnes dans 16 pays, avec plus de 900 cas de syndrome hémolytique et urémique (HUS) et 50 décès. Les légumes frais crus tels que les concombres, les tomates et la laitue ont d’abord été suspectés comme véhicules possibles des infections.

La crise a conduit à une révision des règles pour le secteur des germes et à une nouvelle législation visant à faire respecter les dispositions existantes en matière d’hygiène pour les denrées alimentaires d’origine non animale et leur production primaire. Cela comprenait la réglementation de l’UE selon laquelle les graines germées et les germes, mis sur le marché pendant leur durée de conservation, ne devraient pas contenir de Salmonella et de Shiga coli producteur de toxines (ECST).

Maïs, œufs et baies congelés
De 2015 à 2018, une éclosion prolongée d’infections à Listeria monocytogenes causée par la contamination du maïs congelé produit en Hongrie par Greenyard a touché cinq pays d’Europe ainsi que l’Australie avec 54 cas et 10 décès. À la suite de cet incident, les techniques WGS ont commencé à être couramment utilisées à l’appui des enquêtes sur les flambées épidémiques dans plusieurs États au niveau de l’UE.

L’éclosion a entraîné une réévaluation des efforts visant à identifier les points de contamination et des tentatives pour réduire le risque de contamination microbienne dans les systèmes de production de légumes congelés. L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a élaboré des lignes directrices sur les stratégies d’échantillonnage de Listeria et l’Association européenne des transformateurs de fruits et légumes (PROFEL) a publié des lignes directrices sur l’hygiène pour contrôler la listeria dans les légumes congelés.

Entre 2016 et 2020, une épidémie persistante de Salmonella Enteritidis a été liée à la consommation d’œufs en provenance de Pologne. Elle a touché 18 pays et a été associée à 1 656 infections et deux décès, ce qui en fait la plus grande épidémie européenne signalée à ce jour. Il a été retracé à un consortium de fermes et de sites de centres d’emballage, mais les enquêteurs n’ont jamais identifié la cause précise de la contamination.

Les baies congelées contaminées par le virus de l’hépatite A (VHA) ont été responsables d’une éclosion touchant 1 500 personnes dans 13 pays d’Europe en 2013 et 2014. L’analyse de retraçage n’a pas permis de trouver un seul point de contamination, mais des ingrédients courants comme les mûres bulgares et les groseilles polonaises ont été identifiés.

Ces éclosions ont permis l’application des dispositions existantes en matière d’hygiène et de salubrité des aliments et ont mené à l’élaboration de nouvelles lignes directrices et pratiques exemplaires en matière d’hygiène, selon l’étude publiée dans le Journal of Food Protection.

Ils ont souligné l’importance de la production et du partage en temps réel de l’information sur le séquençage et le traçage rapide et la nécessité d’une bioinformatique normalisée pour la comparabilité des résultats afin de faciliter la détection et l’enquête d’origine alimentaire.

Des travaux sont en cours sur une plateforme européenne de partage des données de séquençage du génome entier appelée système One Health WGS impliquant des données provenant d’isolats non humains reçus par l’EFSA et d’isolats humains reçus par l’ECDC.

Les technologies émergentes telles que l’intelligence artificielle (IA), l’Internet des objets (IoT), les technologies de capteurs et la blockchain peuvent également fournir de nouveaux outils pour s’attaquer aux problèmes de sécurité alimentaire et pourraient améliorer la vitesse et la précision de la traçabilité des aliments, a constaté l’étude.

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