Les chercheurs ont trouvé une large distribution et une grande diversité de E. coli producteur de toxine Shiga (STEC) dans la farine allemande. Des éclosions récentes associées à de la farine contaminée et à de la pâte insuffisamment cuite ont été signalées aux États-Unis et au Canada.
L’étude sur la farine allemande a révélé qu’elle peut servir de vecteur pour les souches STEC à fort potentiel pathogène. La farine non cuite, comme celle de la pâte à biscuits et de la pâte à gâteaux, ne doit pas être consommée en raison du risque d’infection.
En janvier 2020, l’Institut fédéral allemand pour l’évaluation des risques (BfR) a publié une évaluation du STEC dans la farine et a donné des conseils aux consommateurs sur la façon d’atténuer les risques.
Contamination généralisée
Les chercheurs ont caractérisé 123 souches de STEC isolées à partir de produits à base de farine collectés entre 2015 et 2019 en Allemagne dans le cadre de programmes de surveillance des aliments. Le plus grand nombre d’isolats a été atteint en 2018, soit 56, et le moins en huit en 2016 et en 2019.
Ils ont trouvéE. coli O157:H7, O145:H28, O146:H28 et O103:H2. Les sérotypes O187:H28 et O154:H31 étaient les plus répandus, mais sont rarement liés aux infections. La farine de blé représentaient près des deux tiers des isolats analysés, suivie de la farine de seigle. Les scientifiques ont constaté que des échantillons individuels pouvaient être contaminés par plus d’une souche d’E. coli.
Les analyses ont révélé la présence de 20 sérogroupes différents, appartenant principalement à un seul sérotype, à l’exception de O79 et O8, où deux sérotypes différents ont été identifiés chacun.
Dans l’étude, publiée dans l’International Journal of Food Microbiology, O187:H28, O154:H31, O11:H48 et O36:H14 ont été isolés à partir d’au moins trois matrices de farine différentes.
Le fait que des souches aient été isolées entre 2015 et 2019 à partir de différentes matrices dans différents États fédéraux indique une distribution étendue en Allemagne, plutôt qu’une source de contamination commune. En raison de la grande diversité génétique, il n’a pas été possible de trouver une corrélation entre certaines souches et un type spécifique de farine ou un emplacement géographique, ont déclaré les chercheurs.
Chacun des 123 isolats portait des gènes de Stx1 ou de Stx2- encoding, mais aucun n’était positif pour les deux variantes de toxine shiga.
Les laboratoires fédéraux d’inspection des aliments ont envoyé des isolats sur une base volontaire au Laboratoire national de référence pour E. coli (NRL-E. coli) de l’Institut fédéral allemand pour l’évaluation des risques et à l’Institut Robert Koch (NRC-RKI) pour examen, car il n’existe aucune surveillance moléculaire juridiquement contraignante.
Comparaison de la farine et des isolats cliniques
Les souches de certains sérotypes ont été comparées à 5 370 ECST cliniques provenant de la collecte de souches de surveillance de l’ICP-CNRC de 2015 à 2019. Au total, 1 105 isolats humains ont été identifiés pour 14 des 21 sérotypes de farine.
« La comparaison des sérotypes de STEC identifiés dans la farine et les échantillons humains met davantage en évidence le risque possible pour les humains. La plupart des sérotypes identifiés ont été trouvés à la fois dans des échantillons de farine et d’humains, y compris des sérotypes de souches cliniques très répandus, mais aussi des sérotypes plus rares », ont déclaré les chercheurs.
Le séquençage du génome entier (WGS) a été appliqué aux 56 STECs isolés en 2018. Plus de la moitié des souches étudiées étaient des hybrides comme STEC-ETEC.
On ne sait toujours pas quelle est la principale voie de contamination des produits à base de farine, mais une explication possible précédemment avancée était la contamination des céréales dans le champ par des animaux sauvages. D’autres sources pourraient être l’eau contaminée utilisée pour tempérer le grain pour le briser, ou les ravageurs dans les moulins.
« Cela montre en général que la farine ne doit pas être sous-estimée en tant que source d’infections humaines graves et des investigations supplémentaires sont nécessaires pour déterminer les voies de contamination et de transmission des ECST dans la farine et les produits dérivés de la farine », ont déclaré les chercheurs.
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