La résistance aux antimicrobiens (AMR), les nouveaux aliments et les risques émergents sont quelques-uns des principaux sujets auxquels le système alimentaire est confronté, selon le scientifique en chef de l’EFSA.
Marta Hugas, de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), a déclaré que les organismes de réglementation sont confrontés à des défis allant des priorités actuelles, telles que la lutte contre la DMR et le gaspillage alimentaire, à l’identification des risques émergents, lorsque des méthodologies ou des données peuvent faire défaut, telles que les microplastiques de la chaîne alimentaire.
M. Hugas a déclaré aux participants au Symposium européen de l’IAFP qu’il était difficile de fournir des conseils scientifiques aux décideurs politiques et au public.
« Tout d’abord, c’est la complexité, chaque fois que le volume de preuves ne cesse d’augmenter, de sorte que l’évaluation de milliers d’articles prend beaucoup de temps. Nous expérimentons l’utilisation de l’intelligence artificielle pour la présélection des documents et l’ajout de critères d’inclusion et d’exclusion. Les méthodologies évoluent également et nous devons être en mesure de saisir et d’appliquer cette méthodologie », a-t-elle déclaré.
« Les attentes de la société sont également très exigeantes. Ils veulent que nous avons une approche holistique, donc pas pour examiner les pesticides par pesticide, mais toute l’exposition des produits chimiques à la santé publique. En outre, ils veulent que nous soyez transparents afin qu’ils puissent examiner attentivement ce que nous faisons et en même temps, le désir de participer, ce qui est valable, mais pose quelques défis sur la façon d’organiser cela.
Risques émergents et aliments nouveaux
Les développements politiques tels que le Green Deal de l’UE et l’innovation produit comme les nouveaux aliments exigent des évaluateurs des risques qu’ils identifient les problèmes potentiels, puis conseillent aux gestionnaires des risques de protéger les consommateurs européens contre les risques liés à l’alimentation.
L’une des tâches de l’EFSA est l’identification des risques émergents et le Emerging Risks Exchange Network (EREN) s’est réuni le mois dernier pour discuter de sujets tels que les risques pour la santé de l’huile de coco, les résidus de pesticides interdits dans les aliments et la toxine Shiga produisant E. albertii.
« Nous identifions un risque émergent lorsqu’il existe un nouveau danger qui peut présenter un risque pour la santé avec des effets indésirables ou qu’il s’agit d’un danger connu qui a changé avec une exposition accrue, que la population a augmenté sa susceptibilité, que le danger a augmenté la pathogénérité ou la toxicité ou que la composition ou l’apport du produit a changé », a déclaré M. Hugas.
« Au départ, nous les appelons des problèmes car nous ne savons pas s’il s’agit de risques ou non. Nous utilisons un processus avec des connaissances spécialisées et de la littérature pour nous aider à déterminer s’il peut devenir un risque émergent. Cependant, il y a beaucoup d’incertitude, il est donc important de ne pas créer de préoccupations.
M. Hugas a indiqué qu’il peut être difficile d’évaluer l’innovation dans le secteur alimentaire.
« L’industrie est en avance et expérimente l’innovation dans ses produits. Lorsqu’un produit novateur nous arrive, nous devons être prêts avec une méthodologie pour évaluer ce produit. L’une d’entre elles est celle des protéines alternatives, aujourd’hui il existe un marché et une volonté des consommateurs de diversifier les protéines disponibles pour être moins dépendantes des protéines animales. Lorsque nous évaluons les applications d’aliments nouveaux, l’accent est mis sur la sécurité du produit en tenant compte de son utilisation prévue », a-t-elle déclaré.
AMR et l’économie circulaire
Un rapport récent a révélé que les niveaux de résistance étaient encore élevés chez les bactéries causant des infections d’origine alimentaire.
M. Hugas a déclaré que la résistance aux antimicrobiens contribue de manière significative au fardeau de la maladie et qu’elle est une menace pour la santé publique.
« Au cours de l’EFSA, nous continuons à travailler sur l’AMR. Nous voyons qu’il ne s’améliore pas vraiment beaucoup, donc nous devons continuer à investir des efforts dans la réduction de la consommation. Dans un rapport d’il y a plusieurs années, il était clair que pour lutter contre la RMM, nous devons réduire l’utilisation d’antimicrobiens et les remplacer par d’autres substances et repenser la façon dont les systèmes d’élevage sont mis en œuvre dans l’UE.
Lorsqu’on lui a demandé quels pourraient être les dangers à venir dans la chaîne alimentaire, M. Hugas a déclaré que la DMR pourrait être la prochaine pandémie si le contrôle de la résistance et l’utilisation d’antimicrobiens ne sont pas pris au sérieux.
De 2020 à 2021, l’EFSA a lancé trois projets visant à identifier les risques émergents liés à l’économie circulaire, à la fraude alimentaire et aux nouvelles sources et techniques de production d’aliments pour animaux et d’aliments pour animaux.
L’Accord vert de l’UE appelle à une économie circulaire et, bien que cela apporte des points positifs, il peut y avoir certaines vulnérabilités, a déclaré Hugas.
« Nous avons commandé un projet qui vise à identifier les vulnérabilités de l’économie circulaire en matière de sécurité alimentaire et alimentaire, de plantes, de santé animale et d’environnement. Nous savons que nous devons être vigilants, car par le passé, une menace pour la santé publique venait de la crise de l’ES BSE. Nous devons être conscients des inconvénients possibles pour les prévenir autant que possible.
L’approche WGS du secteur
Une autre session de l’événement a discuté du séquençage du génome entier (WGS) du point de vue de l’industrie. Le Forum pour Food Microbiology est un réseau comprenant 45 membres de 28 entreprises qui a des réunions trimestrielles et publiera bientôt un document d’orientation.
Adrianne Klijn, de Nestlé, a présenté les résultats d’un atelier et d’une enquête en 2019 auprès de 33 personnes de 18 entreprises, bien que 12 autres entreprises aient refusé l’opportunité.
Les entreprises incluses étaient Arla Foods, Bonduelle, Cargill, Church Brothers Farms, Conagra Brands, Danone, Darling Ingredients, DSM, Fonterra, Greenyard, Hochdorf, Kerry, Kraft Heinz, Mars, Mondelëz International, Nestlé, Unilever et Vion Food Group.
Au total, 83 p. 100 ont dit qu’ils utilisaient wgs fréquemment ou rarement. Cependant, 12 ont dit qu’ils utilisaient encore le sérotypage régulièrement ce qui signifie qu’il était peu probable WGS remplacera tous les autres outils de dactylographie dans un proche avenir. Klijn a dit qu’il existe de bons outils de sous-dénopage pour Salmonella, mais il ya place à l’amélioration quand il s’agit de Listeria et Cronobacter.
La contamination croisée en laboratoire est un bon exemple de la raison pour laquelle le pouvoir discriminatoire de WGS est nécessaire, selon Klijn.
De 16 entreprises, 15 ont dit qu’elles n’utilisaient WGS que pour le suivi des sources d’agents pathogènes, tandis que quelques-unes le faisaient pour la caractérisation des souches.
L’enquête et l’atelier ont révélé que la partie laboratoire est principalement externalisée et que seulement deux d’entre eux ont un séquençage interne. Plates-formes de séquençage Illumina les plus utilisées. La bioinformatique a été divisée de trois façons entre l’interne, l’externalisation et les deux.
« Les autorités traitent des échantillons positifs avec des isolats tout le temps, dans l’industrie alimentaire, nous avons beaucoup moins d’échantillons positifs, donc nous avons moins d’isolats et ce faible débit d’échantillon signifie que le coût par analyse est élevé avec un faible retour sur investissement dans l’équipement. La raison pour laquelle [bioinformatics] est moins externalisé, c’est qu’il y a un manque de normalisation des méthodes et l’analyse des données à l’interne assurera une approche cohérente », a déclaré Klijn.
Parmi les obstacles qui subsistent, mentionnons la pression réglementaire pour partager les données de WGS, l’absence d’un cadre juridique, le manque de clarté sur la propriété des données, le temps de résultat et le coût total, y compris l’équipement, l’infrastructure informatique et l’expertise en séquençage, en bioinformatique et en génomique microbienne.
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