Les chercheurs ont constaté une tendance à la hausse significative des cas sporadiques de SHU à E. coli O26 et E. coli O80 pendant une décennie en France, mais une diminution notable pour E. coli O157.
Le syndrome hémolytique et urémique (SHU) associé à E. coli est un risque important pour la santé publique en France, selon les scientifiques. Le SHU est une complication grave associée aux infections à E. coli qui provoque une insuffisance rénale et peut entraîner des lésions cérébrales et d’autres complications à vie.
Les chercheurs ont mené une étude sur 1 255 cas pédiatriques sporadiques signalés de 2012 à 2021, et les résultats ont été publiés dans la revue Emerging Infectious Diseases.
Les notifications annuelles de cas variaient de 109 en 2014-2015 à 163 en 2017. La plupart concernaient des enfants de moins de trois ans. Les sérogroupes O26, O80 et O157 d’E. coli représentaient 78 % des cas, et 13 grappes importantes ont été identifiées.
Cas sporadiques enregistrés
En France, la surveillance de la bactérie E. coli productrice de shigatoxines (STEC) se fait par la surveillance clinique et microbiologique volontaire du SHU chez les enfants de moins de 15 ans. Les taux d’incidence annuels du SHU-STEC pédiatrique sont relativement élevés. Les cas suspects de STIC-SHU chez les moins de 15 ans sont signalés à Santé Publique France, l’agence de santé publique du pays.
La surveillance microbiologique STEC est volontaire et coordonnée par le Centre national de référence (CNR) pour E. coli, Salmonella et Shigella de l’Institut Pasteur et de son laboratoire associé.
Il est difficile de déterminer la source de contamination pour les cas sporadiques pour des raisons telles que les données épidémiologiques limitées, les multiples sources potentielles de contamination et les lacunes dans les connaissances sur les interactions source-voie d’agent pathogène, ont déclaré les scientifiques.
Un échantillon a été envoyé au CNR pour 1 132 cas, et 717 avaient un sérogroupe STEC identifié. Les 3 principaux sérogroupes représentaient 559 des 717 cas : O26 avec 228 cas, O80 avec 149 et O157 avec 182 cas.
La proportion de patients féminins et masculins était comparable au cours de la période d’étude. Près de 800 des 1 255 cas concernaient des patients de moins de trois ans. Les taux d’incidence variaient selon le groupe d’âge, les plus élevés étant observés chez les enfants de 1 à 2 ans. L’incidence la plus élevée s’est produite de juillet à octobre.
Pour STEC O26 et STEC O80, les régions de la moitié est de la France affichaient des taux d’incidence légèrement plus élevés. Pour STEC O157, les taux les plus élevés ont été principalement observés dans le nord-ouest de la France.
Clusters trouvés
L’analyse par sérogroupe a permis d’identifier deux grappes significatives : STEC O26 en 2019 dans le sud-est de la France et STEC O80 en 2017 dans le nord-est de la France. Les données du séquençage pangénomique pour les isolats de la grappe O26 de 2019 ont permis d’identifier trois grappes liées au séquençage pangénomique de deux isolats chacune. Cependant, les enquêtes épidémiologiques n’ont pas permis d’identifier une source commune d’infection.
Le sud-est de la France est la deuxième région la plus densément peuplée du pays et comprend une grande ville, Lyon, mais aussi des zones rurales et une forte densité de bétail.
L’analyse annuelle a permis d’identifier 13 grappes importantes. Il y avait au moins une grappe chaque année, sauf en 2014 et 2017, avec un maximum de trois en 2018. La taille médiane de la grappe était de 10 cas, mais variait de deux à 20 cas. Les grappes se sont produites de juin à novembre, et la plupart correspondaient au pic saisonnier observé dans les notifications STEC-HUS de juillet à octobre.
« Les résultats de cette étude ont de nombreuses implications pour la détection et l’investigation des épidémies et les perspectives de recherche pour améliorer la connaissance des facteurs de risque environnementaux associés aux disparités géographiques dans les STEC-HUS en France », ont déclaré les chercheurs.
« La prise en compte des différences géographiques est pertinente pour l’analyse des données de surveillance à des fins de détection des éclosions, en particulier pour évaluer les signaux épidémiologiques et décider d’ouvrir des enquêtes. Nous prévoyons d’utiliser nos résultats dans d’autres études pour explorer l’association avec les paramètres environnementaux potentiellement sous-jacents au risque STEC-HUS en France. »
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