Une nouvelle étude suggère que l’utilisation des mégadonnées et de l’apprentissage automatique dans la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les méthodes de production animale pourrait aider à éclairer les interventions et offrir des protections contre les germes qui deviennent résistants aux antibiotiques.
Pendant deux ans et demi, des chercheurs de l’Université de Nottingham ont analysé des microbiomes provenant de poulets, de carcasses et d’environnements. Le réseau de corrélations qui en résulte entre le bétail, les environnements, les communautés microbiennes et la résistance aux antimicrobiens suggère de multiples voies pour améliorer la surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans la production animale, affirment les chercheurs.
L’équipe, dirigée par le Dr Tania Dottorini, professeur de bioinformatique, a utilisé une approche d’exploration de données basée sur l’apprentissage automatique dans dix élevages de poulets à grande échelle et quatre abattoirs connectés de trois provinces chinoises – l’un des plus grands consommateurs d’antimicrobiens. L’utilisation d’antimicrobiens utilisés pour prévenir et traiter les infections dans la production animale dans les fermes est associée à l’augmentation des infections résistantes aux antimicrobiens (RAM).
L’étude, publiée dans Nourriture naturelle, a identifié plusieurs gènes résistants aux antimicrobiens (ARG) qui ont été partagés entre les poulets et les fermes où ils vivaient et qui sont potentiellement hautement transmissibles.
Les résultats montrent également qu’un sous-ensemble de base du microbiome intestinal du poulet, présentant des bactéries cliniquement pertinentes et des gènes de résistance aux antibiotiques, est en corrélation avec les profils de RAM des E. coli, colonisant l’intestin. Notamment, ce noyau, qui contient des ARG transmissibles cliniquement élevés partagés par les poulets et les environnements, est influencé par la température et l’humidité de l’environnement et est en corrélation avec l’utilisation d’antimicrobiens.
La résistance aux antimicrobiens (RAM) est l’une des 10 principales menaces mondiales pour la santé publique à laquelle l’humanité est confrontée selon l’Organisation mondiale de la santé. La RAM menace la prévention et le traitement efficaces d’une gamme toujours croissante d’infections causées par des bactéries, des parasites, des virus et des champignons.
Les chercheurs ont souligné que dans de nombreux pays, les poulets sont logés dans des hangars qui ne disposent pas d’un système de climatisation efficace et subissent donc des variations substantielles de température et d’humidité. Les résultats de l’étude indiquent que les caractéristiques fondamentales de la communauté microbienne intestinale et du résistome, qui se sont avérées corrélées à la résistance chez les E. coli, sont également corrélés aux changements de température et d’humidité dans le poulailler.
L’équipe de recherche affirme que les associations entre les variables environnementales et les espèces et gènes associés à la RAM présentent des possibilités de développement de nouvelles solutions de surveillance de la RAM, en particulier dans les pays à revenu intermédiaire de la tranche inférieure où ces variables ne sont pas contrôlées et présentent un risque pour les animaux qui y sont exposés.
La résistance aux antimicrobiens : elle n’a pas disparu
« La propagation des micro-organismes résistants aux antimicrobiens et de la RAM au niveau humain-animal-environnement et à l’interface alimentaire est une préoccupation mondiale majeure. La transmission de la RAM peut se faire par différentes voies et voies, et la chaîne alimentaire, soit indirectement par la consommation alimentaire, soit directement par la manipulation d’animaux destinés à l’alimentation contaminés et la contamination par le fumier ou les matières fécales, est pertinente », a déclaré le Dr Dottorini.
« Nous avons démontré comment des méthodologies peuvent être développées pour associer un large éventail d’espèces et de gènes microbiens à la RAM observable, et nous avons évalué plus en détail comment celles-ci sont associées aux variables environnementales de température et d’humidité. Ensuite, nous devons examiner tous les ensembles de données pertinents et interconnectés sur la résistance aux antimicrobiens dans une approche à 360°, ce qui approfondira notre compréhension et notre contrôle de la propagation de la RAM.
« C’est un moment passionnant. Nous sommes prêts à investir dans de nouvelles approches de surveillance intégrée de la RAM alimentées par l’IA afin d’identifier les moteurs et les mécanismes sous-jacents à l’insurrection et à la propagation de la RAM, ainsi que de nouvelles variantes génétiques d’agents pathogènes résistants chez les animaux, l’environnement, les humains et les aliments. Ce sera révolutionnaire.
