Près de 50 personnes sont tombées malades en France avec des infections à Salmonella l’année dernière liées au poulet d’un abattoir. Salmonella dans le bœuf en provenance d’Allemagne a également été documenté.
Sans le séquençage du génome entier (WGS), l’épidémie persistante de faible niveau aurait pu passer inaperçue, selon une présentation à la Conférence scientifique européenne sur l’épidémiologie appliquée des maladies infectieuses, organisée par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies.
Les scientifiques ont recommandé de renforcer la surveillance par séquençage systématique de tous les isolats humains, alimentaires et environnementaux de Salmonella.
En juin 2020, le Centre National de Référence des Salmonelles a signalé à Santé Publique France un groupe de cas de Salmonella sérotype 4,5,12:i:- identifiés par le WGS depuis janvier 2020.
Quarante-neuf cas ont été détectés, dont 46 en Ile-de-France. Leur âge variait de quelques mois à 76 ans avec une médiane de 3 ans. Parmi les 24 personnes interrogées, l’apparition des symptômes variait du 15 janvier au 18 octobre 2020. Neuf patients ont été hospitalisés mais aucun décès n’a été enregistré.
Vingt-trois patients ont déclaré avoir mangé du poulet et huit personnes malades ont acheté de la viande directement dans un abattoir. Les enquêtes sur le lieu d’achat pour d’autres cas ont été entravées par une documentation de traçabilité inadéquate des canaux de distribution, ont rapporté des responsables.
Les inspections à l’abattoir ont révélé plusieurs lacunes en matière d’hygiène dans l’entretien de l’équipement et les pratiques du personnel. À la fin de juillet, la souche de l’éclosion a été isolée dans des échantillons de poulet et environnementaux sur le site.
L’abattoir a été fermé de fin juillet à fin septembre et les pratiques d’hygiène ont été corrigées. Quatre malades interrogés, sur 10, ont rapporté après la fermeture de l’abattoir, tous mangé du poulet acheté avant sa fermeture et congelé après l’achat. Aucun autre cas n’a été identifié après la mi-octobre 2020.
Salmonella dans le bœuf d’Allemagne
Dans une autre présentation, le laboratoire national de référence a informé l’Institut norvégien de santé publique (FHI) d’une possible épidémie à la fin du mois de février de cette année après que cinq cas de Salmonella Enteritidis ont été identifiés par le WGS, dont quatre ont été hospitalisés.
Au total, 30 personnes malades ont été identifiées, avec plus de femmes que d’hommes malades, allant de 2 à 91 ans avec un âge médian de 59 ans. Les patients vivaient dans neuf comtés différents. Treize personnes ont été hospitalisées, une a développé une septicémie, mais aucun décès n’a été signalé.
Huit personnes malades ont été interrogées avec un questionnaire standardisé sur Salmonella pour évaluer la consommation alimentaire une semaine avant l’apparition des symptômes. Les autres avaient un questionnaire ciblé axé sur la viande hachée et les produits à base de bœuf. Dans l’ensemble, 15 des 19 patients interrogés ont consommé de la viande hachée bovine tandis que huit ont mangé de la viande hachée non cuite.
Après que l’Institut vétérinaire norvégien a partagé les données WGS des isolats récents de Salmonella Enteritidis à partir d’échantillons de viande, il a été constaté qu’un isolat d’une carcasse bovine d’Allemagne correspondait à la souche de l’épidémie. Cette souche a également été détectée chez des patients du Danemark et de France, mais les chercheurs n’ont pas pu confirmer la même source.
Les conseils aux résidents norvégiens leur ont dit de ne pas consommer de viande hachée crue et il a été rappelé aux importateurs de suivre la réglementation. Un examen des lignes directrices sur les tests d’importation pour la viande a également été recommandé.
Listeria chez la truite malade 50
Une troisième présentation a donné plus de détails sur les incidents qui avaient déjà été signalés. Il s’agissait d’une éclosion mortelle de Listeria liée à la truite fumée.
L’épidémie de Listeria monocytogenes a touché quatre pays et a été détectée par séquençage du génome entier d’isolats cliniques en Allemagne en octobre 2020.
De septembre 2020 à août 2021, 54 patients ont été identifiés, dont 33 hommes. La tranche d’âge était de 0 à 93 ans avec une médiane de 79 ans. Trois personnes sont mortes. Deux cas étaient associés à la grossesse, dont un nouveau-né atteint de septicémie et de méningite.
Quarante-neuf personnes malades ont été signalées en Allemagne, deux en Autriche et au Danemark et une en Suisse. Seize des 19 patients interrogés avaient mangé de la truite fumée.
Le même type de Listeria monocytogenes qui avait rendu les gens malades a été trouvé dans la truite fumée d’une marque analysée en Bavière, en Allemagne, et dans un échantillon d’un paquet vide de truite du réfrigérateur d’un patient en Rhénanie-Palatinat, en Allemagne.
Les investigations menées à l’usine de transformation au Danemark ont permis d’identifier Listeria monocytogenes, mais ce n’était pas le même type qui avait rendu les personnes malades et la source de contamination n’a pas été trouvée.
Comme la truite fumée était le véhicule probable de l’épidémie, elle a été rappelé en Allemagne en décembre 2020 et les autorités alimentaires danoises ont renforcé les contrôles dans l’installation de transformation de la truite. Après le rappel, le nombre de cas a diminué, le dernier en mai 2021 en Allemagne.
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