Les appareils portatifs pourraient permettre aux fabricants d’aliments d’effectuer une surveillance de routine rapidement et ont des avantages par rapport aux méthodes traditionnelles en laboratoire – bien qu’il y ait des obstacles à surmonter.
Les appareils portatifs sont bien adaptés à la surveillance de l’environnement pendant la production alimentaire, et ont des avantages clés dans la facilité d’utilisation et dans l’identification d’une grande variété de bactéries, selon une nouvelle étude publiée dans la revue npj science of food (une revue partenaire de Nature).
L’étude, menée par des chercheurs du Teagasc Food Research Programme et de l’APC Microbiome Ireland SFI Research Centre, serait la première à tester des séquenceurs d’ADN portatifs comme solution de surveillance microbienne de routine pour les installations de production alimentaire.
Les microbes causent la gâterie et la maladie des aliments, de sorte que les contrôles de routine sur la vie microbienne dans les installations de production alimentaire est clairement important. Toutefois, l’équipe de recherche affirme que les méthodes et techniques actuelles, bien qu’éprouvées, ont leurs limites.
« Les tests de microbiologie dans la chaîne alimentaire reposent et continuent de s’appuyer sur des tests de microbiologie classiques plus anciens tels que l’utilisation d’agar et de boîtes de Pétri », a expliqué l’auteur principal de l’étude, le professeur Paul Cotter. « Il s’agit d’une approche qui prend beaucoup de temps et seuls les micro-organismes qui sont spécifiquement testés sont identifiés. »
Le séquençage de l’ADN offre une alternative. Au lieu de culturer des échantillons bactériens dans les boîtes de Pétri, il peut analyser rapidement l’ADN bactérien et identifier l’espèce dans un échantillon.
Toutefois, le séquençage conventionnel de l’ADN peut impliquer des équipements de laboratoire coûteux et seuls des techniciens de laboratoire hautement qualifiés peuvent effectuer la procédure et analyser les résultats.
Cela le rend potentiellement impropre aux installations de production alimentaire qui doivent tester rapidement et régulièrement leurs produits. Une technologie plus nouvelle offre un séquençage rapide de l’ADN avec un appareil portatif facile à utiliser, mais personne n’avait testé son potentiel dans la production alimentaire – jusqu’à présent. Le professeur Cotter et ses collègues, dirigés par le Dr Aoife McHugh, ont étudié comment la technologie de séquençage portative se comparerait au séquençage en laboratoire, à l’aide d’échantillons d’écouvillon provenant d’une usine laitière en exploitation.
Le dispositif portatif s’est avéré similaire au plus grand système de séquençage en laboratoire en termes de nombre d’espèces bactériennes qu’il pourrait identifier dans les échantillons, ce qui, selon l’équipe de recherche, pourrait le rendre approprié pour une utilisation par les fabricants d’aliments occupés. Cependant, le petit appareil nécessite un minimum d’ADN avant de pouvoir fonctionner correctement.
Dans l’usine laitière bien nettoyée, les chercheurs ont dit qu’il n’y avait tout simplement pas assez de bactéries dans de nombreux échantillons, de sorte que les chercheurs ont dû effectuer une étape supplémentaire pour amplifier l’ADN bactérien avant qu’il n’y ait assez à analyser.
« En tant que microbiologistes, l’utilisation du séquençage de l’ADN a révolutionné notre compréhension des communautés microbiennes fascinantes au fond des océans, du sommet des icebergs et d’une vaste gamme d’autres environnements », a déclaré le professeur Cotter.
« Bien que de telles études aient le potentiel d’avoir un impact sur nos vies à long terme, l’utilisation de ces technologies pour améliorer la qualité et la salubrité des aliments peut avoir un impact très rapide sur la vie quotidienne. Cette étude représente une étape clé vers une journée où les non-experts peuvent utiliser des outils de séquençage de l’ADN pour effectuer des tests de microbiologie dans la chaîne alimentaire.
