Les experts ont discuté des principaux obstacles à l’adoption du séquençage du génome entier (WGS) pour la surveillance et le suivi des maladies d’origine alimentaire en Europe.
L’événement « Next Generation Sequencing to Tackle Foodborne Diseases in the EU » était initialement prévu en mars à l’Istituto Superiore di Sanità en Italie, mais a été déplacé en ligne et à la fin septembre en raison de la pandémie de coronavirus.
Une enquête de 100 réponses au cours de la conférence a révélé l’absence d’un cadre juridique, des questions relatives à la confidentialité et à la propriété des données, l’absence d’expertise en bioinformatique et le manque de fonds pour être quelques-unes des pierres d’achoppement.
Parmi les orateurs figuraient Martial Plantady de la Commission européenne, Saara Kotila du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et Valentina Rizzi de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).
Presque toutes les personnes interrogées étaient d’accord pour dire que la surveillance et la surveillance basées sur le WGS au niveau de l’UE seraient bénéfiques. Les caractéristiques les plus utiles inclus profondeur des analyses, il peut remplacer la plupart, sinon la totalité, d’autres méthodologies, il est automatisé et la sensibilité.
Plantady a déclaré qu’il était trop tôt pour les règles sur la rendre WGS obligatoire dans le cadre des contrôles officiels.
« Je suis convaincu que, dans les années à venir, davantage d’États membres effectueront des WGS et partageront des données. À ce stade, nous réfléchirons à l’interne avec eux sur l’imposition de l’utilisation de l’outil dans certaines circonstances, mais il est maintenant trop tôt. Nous encourageons et mettons en place le réseau du Laboratoire de référence de l’Union européenne (EURL), à renforcer les capacités des laboratoires nationaux de référence (LNR) et des laboratoires privés effectuant des contrôles officiels. WGS n’est pas assez standardisé pour faire partie des contrôles officiels, donc c’est un cercle vicieux », a-t-il dit.
Les résultats de WGS ont besoin de données épi
Saara Kotila de l’ECDC a déclaré que les méthodes basées sur le WGS sont rapidement devenues la norme dans les enquêtes sur les flambées d’origine alimentaire et d’origine hydrique.
« a forte puissance discriminatoire de la méthode vous permet de confirmer un lien entre les cas et les isolats, ce qui n’était pas possible avec les anciennes méthodes, mais pour clarifier la nature du lien d’autres données sont nécessaires, telles que les données épidémiologiques et de séquence provenant d’isolats non humains de diverses origines telles que la nourriture, les animaux et l’environnement pour suivre les sources et les véhicules d’origine alimentaire possibles », a-t-elle dit.
« Il existe différentes façons d’analyser les données WGS disponibles et utilisées dans différents pays et laboratoires. Il est important que ceux-ci puissent tirer les mêmes conclusions à partir des mêmes données brutes et que l’ensemble des données soit analysé – c’est pourquoi le partage de données de séquences entre les instituts est nécessaire.
Les données épidémiologiques pourraient inclure l’âge, le sexe, la région du pays, l’information sur les voyages et les données sur la consommation et l’exposition des patients.
L’ECDC coordonne la surveillance de la listériose renforcée par le WGS depuis mars 2019.
« Dix-huit des 30 grappes contenant des isolats de patients étroitement apparentés microbiologiquement détectés depuis le début de la surveillance avaient moins de cinq isolats, ce qui est faible au niveau de l’UE. Nous avons un projet de critères quant à quel moment un cluster devrait être escaladé », a déclaré Kotila.
L’escalade peut signifier que davantage de pays s’impliquent, mais tous les groupes sont communiqués aux pays touchés. Le niveau d’escalade dépend du nombre de cas et de pays concernés.
« Nous voulons avoir six isolats ou plus des 12 derniers mois provenant de deux pays ou plus. Chaque fois qu’une enquête urgente est lancée (généralement menée par des instituts nationaux de santé, mais peut aussi être menée par l’ECDC), il est volontaire pour les pays de répondre. Cela signifie travailler pour eux, et il est encore plus riche en ressources d’ouvrir d’autres enquêtes en collaboration avec les autorités de sécurité alimentaire », a déclaré Kotila.
« Si trop d’enquêtes et d’enquêtes urgentes étaient lancées, les autorités nationales seraient aux prises avec des ressources et pourraient cesser de contribuer. Il faut toujours trouver un équilibre entre les ressources et la valeur de la santé publique pour prioriser les enquêtes.
L’EFSA recueillera des données WGS à partir d’isolats non humains
Valentina Rizzi, de l’EFSA, a déclaré que la collecte centralisée de données du WGS est nécessaire pour soutenir une enquête rapide sur les flambées d’origine alimentaire dans plusieurs pays.
« Lorsqu’il est nécessaire de collecter des séquences auprès de pays dans le cadre d’une enquête sur les flambées dans plusieurs pays, l’EFSA est soutenue par les laboratoires de référence de l’Union européenne pour les pathogènes d’origine alimentaire et leur réseau de laboratoires nationaux de référence », a-t-elle déclaré.
« partir de la fin de l’année prochaine, l’EFSA pourra recueillir auprès des pays des données WGS à partir d’isolats non humains de Listeria monocytogenes, Salmonella et E. coli soumis sur une base volontaire par l’intermédiaire de l’One Système WGS santé. Les utilisateurs de données prévus du nouveau système seront des autorités compétentes et des laboratoires des États membres de l’UE et d’autres pays déclarants qui signeront un accord bilatéral avec l’EFSA. »
Le système One Health WGS sera deux systèmes d’interétapement, l’un dans l’EFSA et l’autre en ECDC, la collecte et le stockage des données. L’objectif est de recueillir des informations de frappe de base pour détecter les grappes de maladies d’origine alimentaire et de générer des hypothèses sur les véhicules alimentaires possibles impliqués.
Dilemme des données
Les répondants au sondage ont indiqué que les principaux inconvénients de l’affichage des données dans le domaine public comprennent la divulgation de renseignements sensibles qui pourraient nuire à la vie privée des personnes, l’utilisation par d’autres scientifiques et le manque d’harmonisation et de normalisation des processus méthodologiques.
Kotila a déclaré que les entreprises pourraient être préoccupés par les cas liés à leurs produits, nuire à la réputation, et avoir un impact économique sur les ventes.
« Mais ils pourraient bénéficier de ces enquêtes, car les flambées pourraient être détectées plus tôt et contrôlées avant une éventuelle escalade, par exemple se retrouver sous l’attention intense de la presse et/ou des affaires judiciaires. D’autre part, les données de séquençage peuvent également montrer qu’une entreprise n’est pas liée à une épidémie spécifique », a-t-elle déclaré.
« Ertains soucis ont été que quelqu’un retire les données disponibles et fait des publications scientifiques sans reconnaître la source de données / propriétaire, qui peut vouloir faire leurs propres publications avec les mêmes données. Espérons que, lorsque de plus en plus d’instituts/personnes partageront des données de séquence, d’autres suivront comme ils verront qu’il n’y a rien à craindre.
M. Rizzi a déclaré que la présentation de données contribuera à la sécurité alimentaire et à la protection des consommateurs au sein de l’UE.
« Soumettre des données à notre système devrait apporter une valeur ajoutée aux fournisseurs. Il est essentiel de souligner que la propriété appartient aux producteurs des données. Dans le système de l’EFSA, le propriétaire des données sera l’organisation de fournisseurs qui aura la responsabilité d’obtenir le consentement pour le partage de données auprès du producteur de données d’origine », a-t-elle déclaré.
« es données de l’industrie devraient être collectées au niveau des pays et leur partage au niveau de l’UE est sous la responsabilité du fournisseur de données officiellement désigné dans le pays. La confidentialité est assurée par le partage de données dans un réseau sécurisé et la gestion des données réglementée par des accords.
Un exemple de services de l’EFSA est de redonner aux fournisseurs de données les résultats liés à leurs données et la façon dont ils se rapportent avec d’autres isolats dans la base de données.
George Haringhuizen et Eelco Franz, tous deux de l’Institut néerlandais de santé publique et d’environnement, Annemarie Kaesbohrer, de l’Institut fédéral allemand d’évaluation des risques, et Patrick McDermott, directeur du Système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens, ont également présenté lors de l’événement organisé par le groupe de travail EURL sur ngs et med-vet-net association.
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