Trois organisations allemandes ont créé un consortium pour surveiller les agents pathogènes bactériens et détecter les épidémies plus rapidement.
L’Université de Münster, le Centre de recherche Borstel et l’Institut Robert Koch ont formé le réseau miGenomeSurv (surveillance microbienne basée sur le génome des agents infectieux).
Ce réseau est basé sur des laboratoires nationaux de référence, où les agents infectieux pertinents pour la population sont caractérisés microbiologiquement et par analyse du génome. Les méthodes de séquençage du génome fournissent des empreintes génétiques et d’autres caractéristiques de la bactérie permettant la surveillance et la détection des grappes.
L’objectif initial comprend E. coli entérohématoire (ECEH) et Listeria monocytogenes et les échantillons soumis datant du début de 2019, atteignant près de 3 000 au deuxième trimestre de 2021.
Une empreinte digitale détaillée d’un agent pathogène est nécessaire pour identifier ou exclure toute similitude entre les souches. Cela aide les enquêteurs à déterminer si les agents pathogènes en cause sont similaires et s’ils ont déjà été vus ailleurs ou plus tôt.
« Afin d’améliorer le contrôle des infections, la surveillance moléculaire des agents infectieux est essentielle », a déclaré le professeur Lothar H. Wieler, président de l’Institut Robert Koch.
Signature unique des agents pathogènes
En 2011, le système de santé publique allemand a été confronté à une éclosion d’origine alimentaire de E. coli O104:H4, qui a causé l’une des plus grandes éclosions d’infections à ECEH, entraînant 2 987 maladies, 855 cas d’insuffisance rénale grave et 53 décès. Les germes de fenugrec en provenance d’Égypte ont été identifiés comme le vecteur le plus probable de l’infection.
L’identification de la source de l’infection est essentielle à la réussite de la lutte contre les éclosions. Si la source n’est pas trouvée rapidement, de telles éclosions peuvent se faire pendant de longues périodes et à différents endroits, ce qui rend l’identification de l’agent causal très difficile.
Une base de données à accès restreint déclenche automatiquement des alertes précoces en envoyant des e-mails aux auteurs de données dans le cas de correspondances génomiques étroites entre les échantillons.
Dans le consortium, un langage commun, appelé nomenclature, est défini pour les nombreuses lignées d’agents pathogènes détectés.
Ceci est basé sur la séquence du génome et d’un génome de base (cg) – type de séquence multi-locus (MLST) calculé à partir des données du génome. En conséquence, le matériel génétique de l’agent pathogène est traduit en un code numérique normalisé.
Cela permet l’échange de données entre les laboratoires participants, avec d’autres partenaires et institutions nationaux et internationaux tels que le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et les services de santé publique responsables de mesures telles que la gestion des épidémies.
« Des outils bioinformatiques faciles à utiliser aident à donner à chaque agent pathogène une signature unique », a déclaré le professeur Dag Harmsen, de l’Université de Münster.
Les groupes existants similaires comprennent le réseau GenomeTrakr, le consortium Global Microbial Identifier et PulseNet International.
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